DDA, DIA, či directDIA: závisle, s knihovnou či bez? Praktické porovnání přístupů pro různé typy proteomických experimentů

Datově zavislý sběr dat (data-dependent acquisition, DDA) je konvencni proteomickou akvizicni technikou pro on-line kombinaci kapalinove chromatografie (LC) a hmotnostni-spektrometrie (MS). DDA-MS je postavena na výběru omezeneho poctu nejintenzivnějsich prekurzorových iontů v okamžiku jejich eluce a jejich fragmentaci. V poslednich letech se dale intenzivně rozviji přistup na bazi datově nezavisleho sběru dat (data independent acquisition, DIA), který je postaven na výběru prekurzorů v sirokých oknech a jejich fragmentaci. Hlavni výhodou DIA je konzistentni peptidova kvantifikace ve studiich o velkem poctu vzorků, umožňujici klasifikaci na zakladě proteotypů [1]. Zatimco klasický DIA přistup vyžaduje tvorbu spektralni knihovny, directDIA přistup postavený na algoritmu DIA Umpire zahrnuje databazove prohledavani z DIA dat [2]. Cilem prezentace bude porovnat výsledky aplikace těchto přistupů v různých typech proteomických experimentů. V ramci prezentace budou diskutovany výsledky tři studii: (i) budou srovnany výsledky měřeni souborů tkani nadorů prsu pomoci SuperSILAC, DIA a directDIA, (ii) budou srovnany výsledky z analýzy proteinových frakci se SILAC-3plex znacenim pomoci DDA a direct-DIA, (iii) budou srovnany výsledky z funkcně-proteomickeho experimentu zaměřeneho na studium ulohy desmocollinu-1 v buněcne linii odvozene od luminalniho nadoru prsu pomoci DDA a directDIA. Data ukazuji, že (direct)DIA je vysoce kompetitivni přistup ke konvencni DDA s label-free kvantifikaci, kde dosahuje srovnatelneho ci lepsiho pokryti proteomu, navic s výrazně konzistentnějsi kvantifikaci v MS2 modu vedouci ke kompletni datove matrici. To předurcuje DIA k analýze velkých souborů vzorků v klinickem a experimentalnim výzkumu.