Genome sequence alignment in processing-In-memory architectures

Finalmente, tambien realizamos un estudio experimental de varias arquitecturas con diferentes tecnologias de memoria (DDR y HBM) y nucleos de procesamiento de distintos tipos, explotando, en algunos casos, procesamiento en la memoria (PIM). La aplicacion de referencia es Bowtie2, una aplicacion completa para el alineamiento de secuencias en el genoma. La implementacion y evaluacion de estas arquitecturas se realiza utilizando un simulador arquitectural basado en gem5.