Comparative Genomic and Proteomic Analysis of SARS CoV-2 - with Potential Mutation Probabilities and Drug Targeting

Yuksek oranda patojenik SARS-CoV-2’nin neden oldugu COVID-19 dunya genelinde 470 binden fazla insanin olumune neden oldu. RNA viruslerinin yuksek mutasyon potansiyelleri tedavi icin en dogru yapinin tanimlanmasini gerektirir. Bu calismada COVID19’un ayni alt sinifta yer alan SARS ve MERS ile karsilastirmali genomik, proteomik analizleri ve rezidulerin mutasyon potansiyelleri biyoinformatik araclar ile analiz edildi. COVID19’un nukleotid duzeyinde SARS ile 80.08% ve MERS ile 58.79% benzer oldugu bulundu. GC% oranlari COVID19, SARS ve MERS sirasi ile 38%, 40.8% ve 41.2%’dir. 5’UTR GC icerigi COVID19 (44.6%), MERS (43.5%) ve SARS (44.7%)’dir. Aminoasit duzeyinde COVID19, SARS ile 83.3%, MERS ile 42.5% benzerlik gosterdi. Temel yapisal proteinler kiyaslandiginda COVID19/SARS’in E, M, N ve S-proteinleri sirasiyla 94.7, 90.1, 90.6 and 76,1% oraninda aynidir. COVID19 icin 14 yuksek mutasyon riski olan rezidu ve genomda tekrar sayilari belirlendi. Sonuc olarak; COVID19 ve SARS’in yuksek yapisal benzerlikleri proteinlerin fonksiyonel benzerliklerine isaret edebilir. Bu calismanin verileri, dusuk mutasyon riski ile ORF6 ve ORF7b gibi fonksiyonel olmayan korunmus proteinlerin fonksiyonel ozellikleri ile tedavi icin uygun hedefler olabilecegini isaret etmektedir.