Validation of targeted next-generation sequencing for RAS mutation detection in FFPE colorectal cancer tissues: comparison with Sanger sequencing and ARMS-Scorpion real-time PCR

目的 通过与Sanger测序与扩增阻滞突变系统（ARMS）技术对比，验证靶向新一代测序平台Ion Torrent PGM在甲醛固定石蜡包埋（FFPE）结直肠癌组织标本KRAS 2号外显子及扩展RAS突变检测中的应用。 研究地点 中国北京。 研究对象 随机选取51例中国北京协和医院病理科存档的FFPE结直肠癌标本（36例男性，15例女性）。在检测前，这些标本的病理诊断及肿瘤组织含量均经资深病理医师确认。 方法 分别利用PGM平台、Sanger测序技术以及Therascreen KRAS突变检测试剂盒检测51例FFPE结直肠癌标本中RAS突变情况，评估3种方法之间的一致性，进而通过检测梯度稀释的FFPE细胞系（突变状态已知）来探讨PGM平台的检测敏感性。 结果 应用PGM平台, 51例标本中13例（25.5%）检出了KRAS 2号外显子突变。针对KRAS 2号外显子突变检测，PGM平台与Sanger测序之间的一致性达100%(51/51) [κ=1.000, 95％可信区间（CI）: 1~1]；PGM平台与Therascreen检测试剂盒之间的一致性为98.04% (50/51) (κ=0.947, 95% CI: 0.844~1)，仅有1例不一致的病例，其KRAS 2号外显子突变为c.37G>T突变，该突变未被Therascreen检测试剂盒覆盖。梯度稀释实验结果显示，PGM平台能够检出突变频率低至1％的KRAS突变。重要的是，在51例标本中，PGM平台还检出了10例KRAS 2号外显子以外区域的RAS突变。此外，PGM平台还能够同时检出RAS以外的其他结直肠癌相关基因的突变。 结论 靶向新一代测序平台兼具特异性与敏感性，适合应用于KRAS 2号外显子突变的临床常规检测。此外，该平台节省样本与时间、性价比高，在FFPE结直肠癌标本的扩展RAS突变检测以及其他结直肠癌相关基因突变检测方面具有重要的临床应用前景。