Characterisation of Protein Modifications by Mass Spectrometry

Pokroky v metodice pro charakterizaci post-translacnich modifikaci hmotnostni spektrometrii umožnily podrobnějsi studium různých biologických problemů. Tato disertacni prace je věnovana charakterizaci tři typů post-translacnich modifikaci ve spojeni s jednotlivými výzkumnými problemy, zejmena pak zavedeni metodiky nezbytne pro jejich studium. Řeseni prvniho problemu, týkajiciho se detailniho popisu acetylacnich variant histonů a vlivu inhibitorů histonových deacetylaz na přitomnost a distribuci těchto variant, vyžadovalo použiti kapalinove chromatografie a specialni MS/MS fragmentacni metody. Druha studie byla zaměřena na charakterizaci ubiquitinaci proteinu Dishevelled, a bylo v ni využito specificke protilatky a specialniho režimu zaznamu MS dat umožňujiciho detekci maximalniho poctu modifikovaných peptidů. Třeti tema bylo zaměřeno na analýzu fosforylaci proteinu Dishevelled v zavislosti na testovaných podminkach. Tato prace zahrnovala afinitni frakcionaci pomoci oxidu titaniciteho, hmotnostně spektrometrickou analýzu „data-dependent“ modu, a rozsahlou evaluaci obdržených dat.