Etude des bactéries oxydantes du fer dans les aquifères hétérogènes : rôle dans le fonctionnement biogéochimique des zones d'interface

Les bacteries de la famille des Gallionellaceae (β-proteobacteria) oxydent le fer dissous a pH neutre pour alimenter leur metabolisme energetique. Ces bacteries sont endemiques des habitats microaerobies, ou elles peuvent rivaliser avec l'oxydation abiotique rapide du fer par l'oxygene. Elles sont ainsi retrouvees generalement dans les zones d’interfaces entre l’atmosphere et un compartiment anoxique riche en fer, tel qu’une resurgence d’eau souterraine. Pourtant ces cinq dernieres annees, de plus en plus d’etudes attestent de la presence des Gallionellaceae en profondeur dans certains milieux souterrains, a des profondeurs ou ils sont generalement consideres comme anoxiques. Dans plusieurs de ces milieux, comme par exemple certains aquiferes du massif armoricain (Bretagne, France), les Gallionellaceae semblent meme dominer les communautes microbiennes presentes. Cela suggere que non seulement il existe des zones d’interface en profondeur dans ces aquiferes entre un compartiment contenant de l’oxygene et un compartiment anoxique riche en fer, mais aussi que ces zones d’interfaces peuvent avoir un role preponderant dans le maintien des populations microbiennes en profondeur. L’objectif de cette these etait ainsi d’explorer la diversite et l’ecologie des Gallionellaceae au sein des milieux souterrains, afin de mieux comprendre le fonctionnement biogeochimique global de ces milieux. Une approche pluridisciplinaire, faisant intervenir des analyses metagenomiques et hydrogeochimiques, a ete privilegiee pour repondre a cet objectif.