Les ontologies ATOL et EOL, des outils en appui aux nouveaux challenges en production porcine

La vocation des ontologies est de faciliter l'organisation et l'exploitation des connaissances et des donnees produites en grande quantite notamment en biologie. L'ontologie ATOL (http://www.atol-ontology.com) pour "Animal Trait Ontology for Livestock" a ete dediee a la definition et l'organisation des caracteres phenotypiques des animaux d'elevage (poisson, oiseaux, mammiferes). Or, un phenotype resulte de l'action commune d'un genotype et de son environnement (plus des mecanismes epigenetiques). Sa definition necessite donc aussi une description precise de l'environnement d'elevage. L'ontologie EOL pour "Environnement Ontology for Livestock" a ete ainsi creee pour decrire, de maniere generique, les systemes et conditions d'elevage. La combinaison des concepts des caracteres phenotypiques des animaux (ATOL) et de ceux des conditions d'elevage (EOL) permettra la standardisation et l'annotation tres precise des bases de donnees phenotypiques. Elle facilitera les approches integratives et systemiques grâce a la representation univoque des concepts en un langage partage, commun aux differents utilisateurs et a l'acces automatise a ces concepts rendu possible par des logiciels. Ces deux ontologies constituent un outil prometteur pour des projets d'experimentation en particulier ceux portant sur l'elevage de precision, et a un appui methodologique aux programmes d'amelioration genetique predictive. Elles devraient etre aussi de puissants outils pour la recherche d'informations dans les documents scientifiques et techniques, par les logiciels de pointe d'ores et deja disponibles mobilisant l'analyse semantique. Dans cet article la structure des ontologies, leurs caracteristiques et leurs applications en productions animales sont presentees et illustrees dans le domaine de la production porcine.