Prédiction de la fonction des butyrophilines par l'étude de leur évolution et de leur variabilité génétique

Dans le cadre de cette these nous nous sommes interesses a l'etude de l'evolution et de la variabilite genetique de la famille des butyrophilines (BTN), des recepteurs de la superfamille des immunoglobulines impliques dans la regulation de la reponse immunitaire. Par une etude phylogenetique approfondie nous avons caracterise chez les mammiferes 14 groupes phylogenetiques resultant d'une serie de duplications a partir de huit genes ancestraux a la base des theriens. Par la suite, nous avons etudie l'evolution des BTN de la region CMH chez les primates et leur variabilite genetique dans les populations humaines par une analyse minutieuse des donnees de sequencage generees du projet 1000 Genomes pour plus de 1600 individus a travers le monde. Nous avons montre que l'evolution du gene BTNL2 est marquee par une pression de selection positive diversifiante chez les mammiferes qui est accompagnee chez les hominoides d'un niveau de polymorphisme eleve induisant la formation de variants tronques de BTNL2. Chez l'homme, quatre lignages d'alleles ont ete identifies. Ils ont ete maintenus a des frequences intermediaires par une forte selection balancee. D'autre part, l'analyse phylogenetique detaillee du groupe BTN3 (BTN3A1, 3A2 et 3A3) a montre la presence d'une evolution concertee, caracterisee par une homogeneisation forte et recurrente de la region codant pour le peptide signale et le domaine IgV chez les hominoides, au cours de laquelle les sequences de 3A1 et 3A3 sont remplacees par la sequence de 3A2. Chez l'homme, ces genes sont polymorphismes important avec plus de 46 alleles chacun, mais avec la presence d'une homogeneisation extreme des sequences du domaine IgV