hsa-miR-197靶基因预测及生物信息学特征分析

2014 
目的通过对hsa-miR-197进行系统的生物信息学分析,预测其靶基因、相关功能及其可能参与的生物学过程。方法通过PubMed检索hsa-miR-197相关文献;通过miRBase、NCBI等在线数据库获取并分析hsa-miR-197序列保守性及其基因组特征。通过CA)功能注释、GO富集分析和信号转导通路富集分析,选择miRanda、TargetScan及PicTar预测hsa-miR-197的靶基因的交集作为分析的基因集合。结果(1)hsa-miR-197在人类同源的物种间具有高度保守性。(2)三种方法预测结果取交集获得hsa-miR-197可能的靶基因共有32个。(3)hsa-miR-197靶基因主要参与DNA修复、蛋白磷酸化、离子转运、蛋白修饰、DNA依赖的转录调控等生物学过程,涉及Wnt、氨基糖类代谢等信号转导通路。结论hsa-miR-197的功能较广泛,与发育、代谢等密切相关。
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