Prévalence des virus influenza dans les selles des patients consultant pour un syndrome grippal et identification des facteurs de risque cliniques et sociodémographiques

La grippe est definie par l’association d’un syndrome infectieux (fievre, tachycardie, frissons, asthenie, anorexie, abattement), respiratoire (catarrhe des voies aeriennes superieures, toux), et algique (arthralgies, myalgies, cephalees). Cependant, dans la pratique quotidienne, ces manifestations cliniques respiratoires et algiques peuvent etre associees a des symptomes gastro-intestinaux (SGI).Durant deux saisons hivernales (2014/2015 et 2015/2016), un echantillon de medecins generalistes (MG) inscrits au reseau Sentinelles a inclus des patients de tout âge qui se presentaient en consultation pour un syndrome grippal. Pour chaque patient ces medecins devaient realiser un prelevement nasopharynge et completer un questionnaire. Les patients devaient egalement effectuer un prelevement de selles. Vingt-un pathogenes respiratoires dont les virus influenza ont ete recherches par RT-PCR quantitative en temps reel (Real Time Quantitative Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction : qRT-PCR) au niveau des prelevements nasopharynges. Au niveau des prelevements de selles une recherche par qRT-PCR de 21 pathogenes respiratoires et de pathogenes enteriques (six virus enteriques et sept bacteries enteriques) a ete realisee.Dans la premiere partie de cette these nous avons recherche les facteurs de risque associes a la presence de SGI aupres de 331 patients avec un SG, inclus par les MG. La survenue des SGI etaient significativement associee a la detection d’au moins un agent pathogene enterique au niveau de selles (Odd Ratio ajuste (aOR)=3,2 ; intervalle de confiance a 95% [IC] = [1,2-9,9] ; p=0,02) et a la detection du Coronavirus humain au niveau respiratoire (aOR=2,7 ; [1,2-6,8] ; p=0,02).La seconde partie de notre recherche cible les 114 patients avec une grippe confirmee virologiquement. L’ARN du virus influenza a ete detecte dans les selles de 21% (24/114) des patients, mais aucun virus n’etait viable apres mise en culture sur des lignees cellulaires epitheliales de reins de chien : Madin-Darby Canine Kidney (MDCK).La detection de l’ARN des virus influenza au niveau de selles, est significativement associee a l’hospitalisation du patient [aOR=7.8 [1.7-33.7], p=0.02), et a sa classe d’âge 45-64 ans (aOR = 4,8 [1,7-14,5], p=0,01). Certains facteurs lies au mode de vie tels que la consommation de coquillages et mollusques crus (aOR = 16,7 [3,6-90,9], p=0,00) et la prise d’antiviraux (aOR = 7,4 [1,9-29,0], p=0,01) ou d’antibiotiques (aOR = 6,4 [2,1-19,8], p=0,006) semblent augmenter les chances de detecter des selles positives aux virus influenza. Aucune association n’a ete identifiee entre la presence de SGI et la detection d’ARN du virus influenza dans les selles.Les resultats des travaux rapportes dans cette these apportent de nouveaux elements dans la comprehension des phenomenes de dissemination de ces virus a travers l’organisme et mettent l’accent sur l’implication de facteurs exogenes tels que l’alimentation et la prise de medicaments via leur possible action au niveau du microbiote. Les donnees que nous avons obtenues dans cette these pourront etre une base pour elucider les mecanismes lies a la detection des virus influenza au niveau des selles et a l’eventuelle modification du microbiote lors d’une infection due aux virus influenza saisonnier.