Dificultades en la detección de genomas del Nuevo Coronavirus 2 (SARS COV-2)

El manejo de las infecciones virales respiratorias, tanto a nivel nacional como a nivel mundial, requiere resultados cientificos de calidad La reaccion en cadena de la polimerasa de transcriptasa inversa (rRT-PCR, por su sigla en ingles) es considerada el "patron de oro" para detectar el genoma del nuevo coronavirus 2 (SARS-CoV-2), agente causal de la enfermedad por el nuevo coronavirus (COVID-19) sobre todo en la fase aguda de la infeccion Su uso es controvertido fuera de un contexto de exposicion viral El objetivo del presente trabajo es analizar escollos encontrados durante la deteccion del genoma del SARS-CoV-2 que pueden producir resultados falsos Los falsos negativos de rRT-PCR pueden deberse al momento y la eficacia de la toma de la muestra, la congelacion, el almacenamiento y la descongelacion, y a la inactivacion termica de la virulencia Ademas, las senales retardadas de los controles internos invalidan la negatividad Por otra parte, las muestras con escaso material biologico llevan a conclusiones negativas falsas, por lo que determinar un umbral (numero minimo de celulas epiteliales) contribuira a reducirlas Sin embargo, la mayoria de los kits detectan ADN humano, pero no fueron calibrados para cuantificar carga celular Los acidos ribonucleicos nucleares (ARN) virales adheridos a guantes, tubos y gorros, -entre otros elementos-, son fuente de falsos positivos Las farmacopeas sugieren que la contaminacion externa se controle en series de 100 muestras con al menos una representatividad del 10% Si se extrapola esta aproximacion al laboratorio de analisis clinicos, en lugar de uno se deberian procesar al menos 10 controles negativos contiguos a 10 positivos cada 100 pruebas Mejorar la deteccion por rRT-PCR implica un aumento de al menos 20% en el costo de los reactivos, por lo que se necesitan recursos adicionales