空心李RNA-seq SSR信息分析及分子标记开发

为开发适用于空心李的目的基因 SSR分子标记。基于空心李果实中果皮转录组测序数据，利用Trinity软件组装 45 389 条 Unigene，其中 32 822 条获得功能注释。通过 KEGG 代谢通路分析发现 817 条Unigene 与碳水化合物代谢相关。利用 MISA软件在所有 Unigene中共检测到 9 797 个 SSR 位点，分布于7 963条Unigene中，其占总Unigene数的17.54%。优势重复基序为二核苷酸(占总SSR位点数的40.57%)、单核苷酸(39.34%)和三核苷酸(18.58%)。AG/CT是二核苷酸中最多的重复类型(32.40%)，三核苷酸重复类型以AAG/CTT为主(5.87%)。根据已注释的与果实品质(大小,糖和酸合成等)相关 Uningene序列，挖掘到47个目 的基因 SSR 分子标记，以‘李子王 30 号’空心李种质叶片基因组 DNA为模板对这些 SSR 标记进行有效性 验证， 39对引物能扩增出清晰条带，其中11对引物在 5份不同空心李种质中表现出多态性。开发的空心李目的基因 SSR标记为空心李种质遗传多样性分析、指纹图谱构建和果实品质性状关联分析提供有效标记。