Identification in silico du site de fixation à l’ARN de la protéine PTBP1 : découverte de motifs par utilisation de l’outil RSAT via des donnéesCLIP-Seq publiques

La PTBP1 est une proteine de liaison a l’ARN qui participe activement dans la regulation de l’epissage alternatif. Elle contribue au developpement de l’ARN mature en formant des complexes avec l’ARN pre-messager a l’aide de quatre motifs de liaison, appeles RRMs. L’identification des sites de fixation de la PTBP1 passe par la methode du CLIP-Seq qui va detecter les sequences ARNs liees a la proteine. Ensuite, une analyse de decouverte permet de caracteriser les signaux biologiques presents dans le jeu de sequences CLIP-Seq. L’objectif biologique de cette etude concerne le traitement des donnees publiques de CLIP-Seq de PTBP1 en utilisant de methodes d'analyses recentes afin d'affiner la reconnaissance des motifs de fixation de PTBP1. La finalite est d’ameliorer la prediction in silico de la fixation de la PTBP1 sur des ARNs. Un second objectif methodologique est d’explorer l'outil «Peak-motifs» de la suite logicielle RSAT, dedie a la decouverte de motifs, sur des donnees CLIP-Seq de PTBP1. Cette analyse a conduit a la construction de plusieurs jeux de donnees positifs et negatifs afin d’affiner la recherche de motifs. Nos resultats demontrent la compatibilite de RSAT, initialement concu pour l’analyse CHIP-Seq, aux donnees CLIP-Seq. L’amelioration des jeux positifs et negatifs nous a aide a discriminer de nombreux elements surrepresentes dans les analyses. Des experiences supplementaires a partir de genes cibles connus de la PTBP1 viseront a valider les motifs identifies au cours de cette etude.