Perspectives et caractérisation des SNP dans les étiquettes de séquences exprimées (EST) à partir de l'interaction Theobroma Cacao-Moniliophthora Perniciosa

Moniliophthora (ex Crinipellis) perruciosa (Stahel) Singer (Aime e1 Phillips-Mora, 2005) est un basidiomycete hemibiotrophe (Theobroma cacao L.). responsable de la maladie des balais de sorcieres (WBD) sur les cacaoyers (Theobroma cacao L). Etant donne l'importance des impact socio-economiques et environnementaux de la WBD sur les plantations cacaoyeres dans la region de Bahia au Bresil, plusieurs etudes de genomique fonctionnelle sur l'interaction cacao-Moniliophthora pemiciosa ont ete realisees (Gesteira et al 2007; Argout et al. 2008, projets CEPLAC subventionnes par le FAPESB et CNPq). Ces programmes ont permis l'identification d'EST participant a la resistance du cacaoyer a la WBD, en fournissant un contexte pour detecter les marqueurs de polymorphisme (par ex. SNP) necessaires pour des etudes supplementaires comme des strategies de selection genetique, un pyramidage des genes et une selection assistee par marqueurs (MAS). Nous rendons compte de la recherche, de la validation et de la caracterisation de polymorphismes de nucleotides simples (SNP) dans les EST de l'interaction cacao - Moniliophthora perniciosa en utilisant le resequencage de 73 genes candidats dans des individus Sca 6, JCS 1, TSH 516 et 68 de la F2. Cette analyse a permis l'identification de 185 SNP, dont 57 % correspondent a des cas de transversion, 29% de transition et 14% a des " indels ". Les EST contenant les SNP ont ete classes dans 14 categories fonctionnelles principales. Au travers de la validation, 91 SNP ont ete confirmes ; leur frequence dans les regions codantes et non codant.es a ete evaluee, et leurs positions dans l'ORF ainsi que la frequence de SNP synonymes et non synonymes a ete determinee. Les parametres de diversite des nucleotides et des haplotypes pour les SNP valides ont ete calcules. La diversite genetique basee sur les haplotypes et le contenu d'information polymorphique (PIC) allaient de 0,559 a 0,56 et de 0,115 a 0,12 respectivement De plus, nous avons demontre l'avantage de la prise en compte de la structure des haplotypes pour chaque locus au lieu de S:N""P uniques. Le nombre de haplotypes variait de quatre a seize selon les fragments de genes, avec une moyenne de huit La plupart des fragments de genes avaient un haplotype majeur accompagne d'une serie de haplotypes de faible frequence. Ainsi, l'approche de resequencage s'est averee determinante pour identifier des SNP utiles pour de vastes applications genetiques. En outre, la disponibilite de la sequence du genome du cacao devrait permettre de resequencer une selection positionnelle de fragments d'ADN, permettant ainsi de renforcer l'utilite des SN""P decouverts. En conclusion, nous recommandons ce systeme de marqueur codominant fonctionnel pour une identification a grande echelle du statut allelique des genes de resistance du cacao, par une selection assistee par marqueurs, pour permettre le developpement de genotypes prometteurs avec une durabilite de resistance elevee a la maladie des balais de sorcieres. (Texte integral)