MELADIAG : un panel de biomarqueurs d’ADN dédié au diagnostique du mélanome☆

Introduction La genetique somatique du melanome (MM) a enormement progresse ces dernieres annees. La decouverte des mutations des genes BRAF , NRAS et KIT a revolutionne le traitement du MM et a permis l’elaboration de therapies ciblees. Toutefois, il existe une grande variabilite genetique tumorale selon le type anatomo-clinique et le stade de la maladie. Nous avons developpe un panel de marqueurs genetiques a visee diagnostique et theranostique dedie au melanome. Materiel et methodes Apres extraction, l’ADN tumoral de 118 tumeurs (44 metastases de MMs, 46 SSMs, 11 MMs acrolentigineux, 5 MMs nodulaires, 2 MMs de Dubreuilh et 3 MMs spitzoides) et 73 naevus (50 naevus banals, 18 dysplasiques et 5 spitzoides), a ete sequence a l’aide d’un panel compose de 15 genes ( ALK, BRAF, CDKN2A, CTNNB1, GNA11, GNAQ, KIT, NOTCH1, NOTCH2, NRAS, RAC1, RAF1, SF3B1, TERT , et TP53 ) sur un sequenceur de nouvelle generation (PGM) en utilisant des puces 318 avec une profondeur > 5000x. L’analyse des variants a ete faite par des logiciels dedies (Ion Reporter, wAnnovar) et seuls les variants avec une frequence allelique  Resultats Le sequencage a montre la presence de tres nombreuses mutations (faux sens, non-sens, frameshift, epissage et dans les regions 5′ et 3′ UTR). Dans les naevus banals, a l’exception des mutations BRAF (V600E et V600 K, presentes dans 86 % des naevus), il n’y avait pas d’autre mutation. Dans les melanomes, les genes les plus frequemment mutes etaient par ordre de frequence BRAF (32 %), NRAS (21 %), TP53 (16 %), KIT (10 %), CDKN2A (8 %) et TERT (3 %). Le pourcentage de mutations dans les melanomes variait de 55 % dans les tumeurs primitives de MM de faible epaisseur (Breslow  Discussion Quatre-vingt pour cent des mutations etaient des transitions C > T ou CC > TT refletant la mutagenese induite par les UV. Nous avons egalement constate la presence d’au moins une mutation dans l’un de ces genes dans 33 % des naevus atypiques et spitzoides (40 % de ces mutations ont ete rapportees dans les bases de donnees COSMIC). La comparaison de la proportion de mutations somatiques entre les differents types de naevius, les tumeurs ayant une faible epaisseur et les tumeurs metastatiques a clairement montre une accumulation des mutations somatiques au cours du developpement de la tumeur. Conclusion Cette puce dediee au MM est interessante a plusieurs titres : grande sensibilite, identification rapide de cibles therapeutiques. En outre, cette puce pourrait aider au diagnostic de MM dans le cas de lesions pigmentees atypiques, de diagnostique difficile et incertain (lesions atypiques et spitzoides). Un algorithme de diagnostic a ete mis au point a partir du profil mutationnel. Dans un deuxieme temps, ce panel de marqueurs sera utilise pour detecter l’ADN tumoral circulant dans le plasma de patients atteints de MM metastatiques.