Détection de domaines dans des séquences génomiques : un problème de couverture optimale

Nous proposons une approche pour faire apparaitre les domaines structurant une famille de sequences genomiques. Cette approche repose sur l'hypothese que les unites fonctionnellement pertinentes des sequences possedent plusieurs occurrences au sein de la famille. Nous procedons en deux phases : 1. l'extraction des sequences repetees dans la famille, 2. la recherche d'un codage optimal de chaque sequence de la famille comme une concatenation des elements isoles a la premiere etape. Nous exposons dans ce travail la recherche du codage par une approche d'optimisation combinatoire basee sur la programmation lineaire en nombres entiers. L'approche est illustree sur la famille de transposons AtRep issue de A. thaliana.