Análise de repetições em dados biológicos

A descodificacao dos genomas veio criar novos desafios na comunidade cientifica ligada a area da computacao e da informatica. Diariamente sao alimentadas inumeras bases de dados com bilioes de registos provenientes de equipamentos cada vez mais evoluidos, que auxiliam na descodificacao dos genomas. Determinar o quao importante e relevante sao esses dados, de forma a retirar valor acrescentado – informacao, e obviamente transforma-los em conhecimento, e o grande desafio actual para a comunidade de investigadores de bioinformatica. A analise de genomas, bem como dos proteomas dos varios organismos permitem-nos observar o comportamento ao nivel da evolucao das especies. Neste estudo focamos a atencao num aspecto particular dessa analise: as repeticoes de determinados codoes e dos respectivos aminoacidos nos varios organismos eucariotas, especificamente em genes ortologos. Pertencente a varias fases da evolucao das especies, o objectivo principal centra-se na obtencao de resultados quanto a evolucao dessas repeticoes ao longo de milhoes de anos. Sabemos hoje que essas repeticoes no ser humano sao a causa de diversas doencas neuro-degenerativas, entre outras, pelo que esta analise permitira verificar o estado de conservacao ou repressao, dessas repeticoes ao longo do processo de especiacao, bem como ao nivel do relacionamento que podera existir entre essas repeticoes e as doencas nos seres superiormente evoluidos. Para este estudo foi desenvolvido um algoritmo de deteccao de padroes de repeticao, que possibilita uma analise detalhada da localizacao de uma determinada sequencia, bem como das sequencias que melhor se ajustam ao padrao de repeticao inicial.