Les –omics au service d’aliments fermentés sains et bons

Toute matiere premiere comestible pour l’homme, animale ou vegetale, va se deteriorer sous l’action des microorganismes ambiants. En effet, les microbes, 1eres formes de vie sur terre, ont des capacites metaboliques tres elaborees et sont capables de degrader les macromolecules les plus complexes en molecules plus simples, oeuvrant ainsi a un recyclage universel. L’homme a donc ete confronte tres tot a la competition avec les microbes pour preserver les matieres 1eres qu’ils recoltaient,et donc a la difficulte de securiser dans le temps son alimentation. Tout son genie a ete, par l’observation et via des procedes simples, de selectionner, d’orienter les microbes en presence, pour aboutir a un savoir-faire empirique de fermentation extraordinaire, qui non seulement prolonge la duree de vie de la matiere 1ere, la protege des germes indesirables, mais en plus diversifie les saveurs et l’aspect des produits finis ; tout cela pendant 10 000 ans sans avoir la moindre idee de l’existence des microorganismes ainsi « domestiques » a son profit. Aujourd’hui plus de 5000 aliments fermentes sont repertories dans le monde, et parmi eux des fleurons de creativite et de cultures locales tels que pain, fromages, salaisons, vegetaux fermentes, vin, biere, etc…(Tamang & Kalaisapathy, 2010). C’est en 1865 seulement que Pasteur leve le voile sur les acteurs microscopiques de ces fermentations. L’essor de la microbiologie Pasteurienne, permettra d’identifier les grands groupes microbiens en presence. Grace au developpement de l’enzymologie et de la biochimie microbienne, les grandes voies metaboliques impliquees dans les fermentations alimentaires sont elucidees. Pendant un siecle et demi, on revisitera les memes questions, acidification, proteolyse, lipolyse, aromes… avec des techniques de plus en plus sophistiquees. Pour les aspects microbiens, la boite de Petri reste limitante face a l’extreme diversite qu’on pressent dans les ecosystemes des aliments fermentes. Les premiers levains industriels apparaissent au debut du XXe siecle, et la « domestication » des lactiques s’intensifient. La deuxieme grande revolution est celle des outils –omiques a partir des annees 1990. En faisant « parler » l’ADN et l’ARN present dans les matrices, et le genome des especes fermentaires, ils representent un atout majeur pour acceder enfin au cœur du dialogue entre microbes et aliments. Les genomes « parlent » et racontent a leur maniere cette fascinante histoire. Les ecosystemes se livrent dans leur complexite. Cependant, si nous pouvons aujourd’hui les « profiler » nous ne sommes pas encore rendus a comprendre leurs fonctionnement intime. Par ailleurs, les ecosystemes des aliments fermentes, notamment laitiers, sont en Europe de loin la premiere source de bacteries lactiques ingerees (environ 1011 / jour / p) generant de nouvelles questions relatives a la sante de l’homme. A travers differents exemples de la litterature, les avancees permises par ces outils –omics seront presentees ainsi que les challenges qui demeurent.