A genetic blood‐marker study on six pig breeds bred in Czechia

Summary A total of 38 polymorphic genetic markers (15 blood-group loci, hypothetical locus S, 10 allotype loci, 12 polymorphic protein and enzyme loci) with, in total, 130 alleles was studied in 1115 animals of six Czech pig breeds (Landrace – L, Large White – LW, Black Pied Přeŝtice – BPP, Czech Meat Pig – CMP, Duroc – D, Hampshire – Ha). On the basis of estimates of allele frequencies, different measures of genetic variability were calculated: the heterozygosity (H) and its standardized value (Hs), the effective number of alleles (ENA), and the probability that two individuals chosen at random are identical (P). The highest heterozygosity was found in the loci PO1A, EAE, EAM, IGH3, EAH, HPX, EAK, PI2, LPB, and EAL, while the loci CP, EAC, P16, and P3 expressed the lowest polymorphism. The values of H, for L, LW, BPP, CMP, D, and Ha, were 0.370, 0.382, 0.373, 0.378, 0.326, and 0.345, respectively; Hs took the values 60.2, 61.1, 62.2, 61.4, 55.4, and 58.2, respectively, ENA took the values 1.59, 1.62, 1.60, 1.61, 1.48, and 1.53, respectively, and ENA took the values 6.85 × 10 15, 1.93 × 10−15, 4.56 × l0−15, 2.86 × 10−15, 7.7 × 10−13, and 1.31 × 10−13, respectively, for the appropriate breeds. All these values indicate that the dam breeds (L, LW, and BPP), and the new sire breed CMP, show the highest degree of heterozygosity. Certain differences were found between ranking of breeds on the basis of Hs, and ranking on the basis of H. Differences were also found between individual groups of genetic markers in the estimates of the individual measures of genetic variability. The blood-group systems were most polymorphic in sire breeds (CMP, D, and Ha), allotypes, and polymorphic proteins; and enzymes were most heterozygous in dam breeds (L, LW, and BPP). Zusammenfassung Blutmarkerstudie bei sechs in Tschechien gehaltenen Schweinerassen Eine Gesamtheit von 38 polymorphen genetischen Markern (15 Blutgruppenloci, der hypothetische S-Locus, 10 Allotypenloci, 12 polymorphe Protein- and Enzymloci) mit insgesamt 130 Allelen wurden in 1115 Tieren von 6 tschechischen Schweinerassen (Landrasse, L; Edelschwein, LW; Schwarzbuntes Přeŝtice, BPP; Bohmisches Fleischschwein, CMP; Duroc, D; Hampshire, Ha) untersucht. Auf der Grundlage der Schatzwerte den Allelfrequenzen wurden folgende Mase der genetischen Variabilitat berechnet: der Heterozygotiegrad (H) und sein standardisierter Wert (Hs), die effektive Anzahl von Allelen (ENA) and die Wahrscheinlichkeit, das zwei zufallig ausgewahlte Individuen identisch sind (P). Der hochste Heterozygotiegrad wurde bei den Loci PO1A, EAE, EAM, IGH3, EAH, HPX, EAK, PI2, LPB and EAL gefunden, wahrend die Loci CP, EAC, P16 and P3 den geringsten Grad an Polymorphismus zeigten. Die Werte von H fur die Rassen L, LW, BPP, CMP, D und Ha betrugen 0,370, 0.382, 0.373, 0.378, 0.326 bzw. 0,345; Hs nahm bezogen auf die einzelnen Rassen die Werte 60,2, 61,1, 62,2, 61,4, 55,4 bzw. 58,2 an, ENA–1,59, 1,62, 1,60, 1,61, 1,48 bzw. 1,53; und P–6,85 × 10−15, 1,93 × 10−15, 4,56 × l0−15, 2,86 × l0−15, 7,7 × l0−13 bzw. 1,31 × 10−13. Alle diese Werte legen nahe, das die Mutterrassen (L, LW and BPP) und die neue synthetische Vaterrasse CMP den hochsten Heterozygotiegrad aufweisen. Es bestanden bestimmte Unterschiede in der Reihenfolge der Rassen fur H und fur Hs. Zwischen den einzelenen Gruppen genetischer Marker wurden bei der Schatzung der einzelnen Mase der genetischen Variabilitat ebenfalls Unterschiede festgestellt. Die Blutgruppensysteme wiesen in den Vaterrassen (CMP, D and Ha) den hochsten Grad an Polymorphismus auf, wahrend die Allotypen and polymorphen Proteine und Enzyme in den Mutterrassen (L, LW and BPP) den hochsten Heterozygotiegrad zeigten.