Les méthodes de typages des sources microbiennes au Canada

La qualite microbiologique des eaux canadiennes est directement affectee par les activites anthropiques des bassins versants. Un assainissement inadequat des eaux usees et une mauvaise gestion des dechets agricoles sont des sources majeures de contamination fecale des ecosystemes aquatiques. La pollution fecale des eaux peut etre a l’origine de maladies graves chez l’homme lorsque les dechets fecaux sont contamines par des microorganismes pathogenes. Il est essentiel de developper des outils performants pour depister les sources de contamination fecale, et ainsi reduire de maniere significative le nombre d’infections d’origine hydrique. Plusieurs groupes de recherche canadiens ont developpe de nouveaux marqueurs ADN visant a tracer l’origine des contaminations fecales. Les performances de ces nouveaux marqueurs ADN, en combinaison avec d’autres traceurs de contamination fecale – traceurs de sources microbiennes (TSM) – precedemment developpes, sont actuellement a l’etude au Canada. Des outils geostatistiques permettent de correler efficacement la presence de ces marqueurs fecaux dans les eaux avec les activites urbaines et agricoles locales. Ces dernieres annees, les recherches se sont essentiellement concentrees sur le developpement de methodes TSM independantes de banques de donnees de reference, bien que les approches genetiques basees sur les banques d’ Escherichia coli restent une strategie efficace dans le depistage des sources de contamination. La detection de marqueurs genetiques Bacteroidales et Catellicoccus specifiques d’hotes constitue une strategie alternative interessante pour tracer les sources de pollution fecale. Cette synthese met l’accent sur le developpement des marqueurs TSM et leur mise en application a l’echelle de trois bassins versants canadiens soumis a une forte pression urbaine et/ou agricole. Sur la base de divers criteres biologiques et geostatistiques, les performances de ces marqueurs TSM seront analysees afin de proposer une strategie fiable de controle de la qualite microbiologique des eaux recreatives, ainsi que des eaux de consommation et d’irrigation des vegetaux.