Caractéristiques génomiques du genre fongique Mucor et évolution adaptative liée à différents modes et conditions de vie au sein du genre

Le genre Mucor appartient au phylum des Mucoromycota, un groupe issu de l’une des lignees ayant diverge tres tot dans l'evolution des especes fongiques (early diverging lineages). Ces groupes restent encore tres peu connus par rapport aux Ascomycetes et Basidiomycetes. Le genre Mucor est un genre d'especes saprophytes, avec cependant une certaine diversite au niveau du mode de vie. Il existe en effet au sein du genre, des endophytes de plantes (comme M. endophyticus) ou encore des pathogenes opportunistes d'animaux (comme les especes thermophiles M. circinelloides ou M. indicus). Le genre est ubiquiste mais il existe des associations a certains habitats qui semblent denoter une certaine specialisation. L’objectif de cette these etait de mieux connaitre les potentialites genetiques du genre Mucor lui permettant ce mode de vie ubiquiste, son potentiel d'adaptation mais egalement de mieux comprendre l'existence au sein du genre d'especes semblant s'etre specialisees en colonisant preferentiellement ou exclusivement certains habitats comme le fromage. Afin d'atteindre cet objectif des etudes transcriptomiques et genomiques comparees ont ete menees dans le cadre de cette these, afin de determiner les principales caracteristiques des genomes de Mucor aussi bien structurelles que fonctionnelles, identifier les similitudes au niveau des especes etudiees et aussi leur specificites et en fonction des modes de vie/habitats et determiner s'il existe chez les especes frequemment rencontrees dans les fromages (et notamment pour celles considerees comme technologiques) des traces d'adaptation voire de domestication.