Analyse du cytosquelette par des approches bioinformatiques à haut débit de génomique comparative et de transcriptomique

Le travail presente dans cette these concerne l’etude du cytosquelette par des techniques de bioinformatique et de biologie a haut debit. Il decrit egalement le developpement de plusieurs outils, a meme de traiter un systeme aussi complexe que le cytosquelette. La premiere partie concerne la genomique comparative et plus particulierement la methode des profils phylogenetiques. Un outil, ComIcs, a ete implemente et le calcul en automatique des profils phylogenetiques de l’ensemble des genes du cytosquelette dans 41 organismes eucaryotes a ete effectue. Leur analyse a revele des problemes majeurs lies aux familles de proteines tres conservees au cours de l’evolution et a la couverture imparfaite des proteomes de certains organismes. Certains de ses problemes ont ete adresses par l’etude de la famille des actines et des Actin-Related Proteins, dont la caracterisation profonde a permis le developpement d’ARPAnno, un serveur d’annotation et d’identification des sequences proches de l’actine. Dans le cadre d’une collaboration avec le laboratoire de Diagnostique Medical, l’application de cette approche a permis d’identifier, BBS10 et BBS12, deux nouveaux genes majeurs responsables du syndrome de Bardet Biedl. La seconde partie aborde la transcriptomique et decrit le developpement d’Actichip, une puce a oligonucleotide dediee aux genes du cytosquelette. Cet outil d’analyse integree du cytosquelette a necessite le developpement de CADO4MI, un logiciel de selection de sondes specifiques. La strategie de validation des sondes specifiques ainsi qu’une premiere application d’Actichip sont presentees dans cette partie.