Pneumocystis jirovecii en el siglo XXI

La neumonia por Pneumocystis jirovecii (PJP) ha experimentado cambios en su epidemiologia en las ultimas decadas, sobre todo en paises con acceso a los tratamientos antirretrovirales de alta eficacia. La prevalencia de la PJP en pacientes inmunocomprometidos VIH negativos (oncologicos, hematologicos, trasplantados, enfermedades autoinmunes o aquellos que reciben terapias inmunodepresoras) esta en aumento. En ellos, por lo general, la infeccion es mas aguda y grave, presentando mayor requerimiento en UCI y mortalidad mas elevada, comparado con los VIH positivos. Su diagnostico se ve dificultado porque caracteristicamente cursa con menor carga fungica y, con frecuencia, no pueden someterse a una fibrobroncoscopia, poniendo en evidencia la necesidad de mejorar el rendimiento las herramientas convencionales para el diagnostico de laboratorio. Por otra parte, conocer la diversidad genetica de Pneumocystis puede facilitar la comprension de su ecologia. Este conocimiento se ha visto limitado hasta la fecha por la ausencia de un metodo de tipado estandarizado con rendimiento aceptable. Los objetivos principales de esta tesis son: (i) evaluar el rendimiento de dos PCR a tiempo real sobre muestras obtenidas de forma invasiva y no invasiva para optimizacion del diagnostico de la PJP, especialmente en poblacion no VIH, asi como la influencia de la diana utilizada, y generando los correspondientes criterios de interpretacion; (ii) comparar el rendimiento de dos esquemas de MLST (β-TUB, DHPS, mt26S, ITS versus CYB, mt26S, SOD) propuestos previamente y posibles combinaciones alternativas de sus loci para identificar la estrategia MLST mas adecuada para el genotipado de Pneumocystis, prestando atencion a la influencia de la carga fungica sobre la tasa de amplificacion y (iii) utilizar la combinacion de loci con mejor rendimiento describir la epidemiologia molecular de Pneumocystis en una cohorte retrospectiva en un hospital terciario de Barcelona, incluyendo pacientes colonizados e infectados. Independientemente de la diana de la PCR utilizada, las muestras de lavado oral resultaron utiles para el diagnostico rapido y certero de la PJP, mediante una interpretacion cualitativa de los resultados. Tambien resultaron utiles en su aplicacion a muestras invasivas, aunque se requiere interpretacion cuantitativa de los resultados. La carga fungica tuvo impacto en las tasas de exito de secuenciacion, principalmente en los loci nucleares. Una seleccion cuidadosa de dianas y la optimizacion de protocolos tecnicos permitio identificar la combinacion de CYB, mt26S, β-TUB y SOD como la mas adecuada y discriminatoria para el genotipado de Pneumocystis, mejorando el rendimiento con respecto a los dos esquemas MLST previamente descritos. La nueva combinacion de loci revelo una elevada diversidad genetica presente en la cohorte, sin predominancia de secuenciotipos. No se identifico asociacion entre variantes alelicas o secuenciotipos y rasgos clinicos. El esquema MLST seleccionado permitio descartar la transmision cruzada del hongo entre pacientes.