Etude des contraintes sur l'usage du code génétique par un modèle de Markov conditionné par la traduction et phasé: cas des séquences codantes d'Arabidopsis thaliana

Les modeles conditionnes par la traduction permettent d'etudier les contraintes, autres que la sequence proteique codee, qui influencent l'usage du code genetique. Un modele particulierement interessant parmi ceux testes est le modele de Markov conditionne par la traduction et phase: on definit alors deux matrices de transition, selon qu'on s'interesse aux triplets qui constituent des codons ou ceux en position inter-codons. Entre autres resultats, nous avons montre l'influence des deux bases a droite d'un codon sur le choix de la troisieme base de ce codon, cette influence semblant liee a des contraintes de structure locale de l'ADN ou de l'ARNm. La contre-selection des dinucleotides CG et TA en positions inter-codons a aussi ete mise en evidence. Une autre conclusion est la ressemblance de composition des sequences codantes en phases non-codantes avec les introns, et leur relative difference avec les sequences intergeniques.