Diarrhées infectieuses en milieu tropical : quelle place pour un nouvel outil moléculaire ?

Introduction Les diarrhees infectieuses, quel que soit leur etiologie ou mecanisme, sont un probleme majeur de sante publique en zone tropicale, notamment chez l’enfant. Dans les presentations cliniques severes de diarrhees aigues ou persistantes (intrication avec malnutrition et avitaminoses), le diagnostic rapide de l’agent etiologique est d’importance pour une prise en charge precoce et adaptee. L’epidemiologie des gastroenterites et notablement differente en milieu tropical par rapport a la metropole. Notre objectif est d’evaluer dans ce contexte un kit moleculaire de nouvelle generation et de comparer les resultats a ceux des techniques classiques. Materiels et methodes DiagCORE Gastrointestinal Panel (Qiagen) cible 24 enteropathogenes en moins de 2 heures de maniere completement automatisee (14 bacteries, 6 virus, 4 parasites). Nous avons analyse 40 echantillons de selles de patients (75 % de moins de 5 ans) consultant en janvier 2019 dans notre centre hospitalier pour diarrhee aigue ou persistante. Echantillon traite en parallele selon les methodes classiques (coproculture, test de diagnostic rapide, examen parasitologique apres concentration). L’optimisation du kit a necessite la dilution sytematique au 1/4 du milieu de transport contenant les selles pour eliminer les inhibiteurs. Resultats Microbiologie conventionnelle : 12 enteropathogenes identifies (30 %) ; 7 adenovirus (18 %), 4 Shigella (10 %), 1 Cryptosporidium spp ; Absence de coinfection. DiagCORE Gastrointestinal Panel : au moins un enteropathogene identifie dans 38 echantillons (95 %), un seul dans 13 % des cas (n = 5), 2 dans 24 % (n = 9), de 3 a 5 dans 63 % (n = 24) ; Cycle Threshold (Ct) ≤ a 25 dans 50 % des cas ; identification de 108 bacteries, virus et parasites : 27 E. coli entero-agregatif, 18 E. coli enteropathogene, 14 E. coli enteroinvasif/Shigella, 6 E. coli enterotoxinogene, 7 Campylobacter spp, 1 C. difficile, 18 adenovirus F40/41, 3 astrovirus, 1 norovirus GI, 1 rotavirus A, 1 sapovirus, 8 Giardia lamblia, 3 Cryptosporidium spp. Conclusion La suprematie du diagnostic moleculaire dans les gastroenterites n’est plus a demontrer. Le panel pertinent DiagCORE Gastrointestinal permet un criblage rapide des enteropathogenes potentiels et le traitement adapte au germe responsable de la gastroenterite. Toute approche moleculaire necessite d’interpreter les resultats sur la base des Ct, en perspective des donnees biocliniques. Il en est de meme lors de la detection de plusieurs agents pathogenes dans un echantillon. Le cout peut etre pondere par l’evolution des indications des coprocultures et des examens parasitologiques des selles des patients hospitalises dans notre hopital.