Virulence and molecular diversity of tungro viruses

Tungro merupakan salah satu penyakit penting pada padi yang menjadi kendala dalam peningkatan produksi padi di Indonesia. Tungro disebabkan oleh infeksi dua virus yang berbeda yaitu Rice tungro bacilliform virus (RTBV) dan Rice tungro spherical virus (RTSV), yang keduanya hanya dapat ditularkan oleh wereng hijau terutama Nephotettix virescens (Distant) secara semipersisten. Adanya indikasi bahwa terjadi variasi virulensi virus tungro dari daerah yang berbeda dan hubungan spesifik antara ketahanan varietas dengan isolat virus tungro maka diperlukan suatu kajian tentang virulensi dan keragaman genetik virus tungro dari beberapa daerah endemis di Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk mendeterminasi virulensi virus tungro dari beberapa daerah endemis di Indonesia, mengkaji patogenisitas virus tungro pada beberapa varietas tahan serta mengidentifikasi keragaman molekular virus tungro. Satu varietas rentan yaitu TN1 dan sepuluh varietas tahan digunakan di dalam penelitian. Survei dan koleksi tanaman terinfeksi dilakukan di beberapa daerah endemis tungro yaitu Jabar, Jateng, DIY, Sulteng, Sulbar, Sulsel, Bali dan NTB. Penularan buatan dengan metode tabung digunakan dalam uji virulensi dan patogenisitas virus tungro. Wereng hijau hasil tangkapan dari lapangan digunakan sebagai penular. Virulensi virus tungro ditentukan berdasarkan nilai indeks penyakit (DI). Patogenisitas virus tungro diidentifikasi berdasarkan nilai insidensi tungro. Analisis PCR digunakan untuk deteksi keberadaan virus tungro pada tanaman terinfeksi di lapangan dan tanaman TN1 hasil penularan. Identifikasi keragaman molekular virus tungro dilakukan dengan analisis PCR-RFLP dan PCR-sequencing. Keragaman molekular virus tungro diidentifikasi berdasarkan pola potongan pita DNA serta variasi sekuen nukleotida dan asam amino dalam bentuk dendrogram kekerabatan. Hasil survei menunjukkan bahwa tungro ditemukan di semua daerah endemis dengan insidensi, sebaran dan visual keparahan gejala yang berbeda-beda. Virulensi virus tungro bervariasi di antara daerah endemis. Isolat Jateng merupakan isolat paling virulen dan tidak semua isolat dari daerah endemis di pulau Jawa lebih virulen dibanding isolat dari luar Jawa. Patogenisitas virus tungro dari beberapa daerah endemis bervariasi pada beberapa varietas tahan. Isolat Jateng, Sulteng dan NTB mampu menginfeksi semua varietas tahan dan patogenisitas isolat Jateng paling tinggi dibanding isolat yang lain. Keberadaan RTBV dan RTSV terdeteksi dalam setiap sampel tanaman terinfeksi di lapangan dan tanaman TN1 hasil penularan. Virus tungro dari beberapa daerah endemis di Indonesia teridentifikasi beragam pada tingkat molekular. Keragaman molekular virus tungro tidak berkorelasi dengan perbedaan geografi daerah endemis dan virulensi. Keragaman molekular kelompok isolat virus tungro dari Indonesia berbeda dengan kelompok dari luar negeri.