Organización de la diversidad genética de los cítricos.

Citrus es el genero de la subfamilia Aurantioideae de mayor importancia economica. Su origen es la region sureste de Asia, en un area que incluye China, India y la peninsula de Indochina y los archipielagos de los alrededores. Aunque se han realizado multiples estudios, la taxonomia del genero Citrus aun no esta bien definida, debido al alto nivel de diversidad morfologica encontrado en este grupo, la compatibilidad sexual entre sus especies y la apomixis de muchos genotipos. En la presente tesis doctoral se ha estudiado una amplia diversidad del genero Citrus, especies relacionadas y otros taxones de la subfamilia Aurantioideae, para poder aclarar su organizacion y filogenia mediante el empleo de diferentes tipos de marcadores moleculares y metodos de genotipado. Mas concretamente, el germoplasma de mandarino juega un papel muy importante en la mejora de variedades y patrones, pero su organizacion genetica no esta bien definida. Por lo tanto, se ha realizado un analisis en profundidad de su diversidad y organizacion genetica. El desarrollo de marcadores moleculares de Insercion-Delecion (indel), por primera vez en citricos, ha permitido demostrar su utilidad para estudios de diversidad y filogenia en el genero Citrus. En combinacion con los marcadores de tipo microsatelite (SSR), se ha cuantificado la contribucion de los tres principales taxones de citricos (C. reticulata, C. maxima and C. medica) a los genomas de las especies secundarias y cultivares modernos. Tambien se ha definido su estructura genetica a partir de los datos obtenidos en la secuenciacion de 27 fragmentos de genes nucleares relacionados con la biosintesis de compuestos que determinan la calidad de los citricos y genes relacionados con la respuesta de la planta a estreses abioticos. El analisis de la filogenia nuclear ha permitido determinar la relacion existente entre la especie C. reticulata y Fortunella, que se diferencian claramente del grupo formado por las otras dos principales especies de citricos (C. maxima y C. medica). Este resultado esta en concordancia con el origen geografico de las especies estudiadas. A partir de este estudio, se han desarrollado marcadores moleculares de tipo SNP con un alto valor filogenetico, que han sido transferidos a generos relacionados de los citricos. Estos marcadores han dado un resultado muy positivo en el genero Citrus y seran de gran utilidad para el establecimiento de la huella genetica del germoplasma en un nivel de diversidad mas amplio. Se ha estudiado la organizacion genetica dentro del germoplasma mandarino (198 genotipos de tipo mandarino pertenecientes a dos colecciones, INRA-CIRAD e IVIA), asi como la introgresion de otros genomas mediante el uso de 50 y 24 marcadores de tipo SSR y indel, respectivamente, ademas de cuatro marcadores InDel mitocondrial (ADNmt). Se ha observado que muchos genotipos, que se creia que eran mandarinos puros, presentan introgresion de otros genomas ancestrales. Dentro del germoplasma de mandarino, se han identificado a nivel nuclear cinco grupos parentales, a partir de los cuales se originaron muchos genotipos, dando lugar a estructuras hibridas complejas. Se ha observado incluso, genotipos con un origen maternal no mandarino, determinado por los marcadores de ADNmt. La presente tesis doctoral ha aportado nueva informacion sobre las relaciones filogeneticas entre las especies del genero Citrus, generos cercanos, asi como de las especies secundarias. Ademas, se han desarrollado nuevos marcadores moleculares que se complementan entre si. Se ha establecido una nueva organizacion genetica del germoplasma mandarino y se han caracterizado adecuadamente las dos colecciones de citricos en estudio. Por lo tanto, todas estas contribuciones, ayudaran a los programas de mejora para la obtencion de nuevas variedades de citricos de alta calidad y permitiran optimizar la conservacion y uso de los recursos geneticos existentes, asi como su caracterizacion genetica y fenotipica.