Une nouvelle fonction de score pour l'amarrage protéine-protéine fondée sur les diagrammes de Voronoï

Dans cet article, nous decrivons l'interaction proteine-proteine dans le cadre du modele de l'energie stochastique (Random Energy Model) de la physique statistique. Nous simulons en amarrant les deux proteines partenaires, le processus d'association de deux proteines formant un complexe. Nous obtenons les spectres d'energie d'un jeu de complexes proteine-proteine de structure tridimensionnelle connue en effectuant l'amarrage dans des orientations aleatoires et en calculant un score pour les complexes modeles ainsi generes. Nous utilisons une representation tres simplifiee de la structure ou chaque acide amine est remplace par sa cellule de Voronoi, et nous appliquons le programme d'apprentissage par algorithme genetique ROGER a un ensemble de parametres mesures sur cette representation, afin de deriver une fonction de score appropriee. En considerant les scores obtenus comme des energies d'interaction, nous obtenons le spectre d'energie de chaque complexe. Il s'approche d'une distribution gaussienne qui nous permet de calculer des parametres physiques comme la temperature de transition vitreuse et la temperature de transition specifique du systeme.