湖州市HIV-1流行毒株gag基因序列测定和亚型分析

本研究对近年来湖州市新发现的常住人口经WB确认阳性、未接受抗病毒治疗的HIV感染者血样中随机抽取88份样本进行PCR扩增和序列测定.利用Contig Express软件对测序结果进行序列的拼接和编辑;使用美国洛斯阿拉莫斯国家实验室HIV核酸序列库(http://www.hiv.lanl.gov)提供的在线分析工具,对HIV-1gag基因型进行初步鉴定.应用Clustal W软件对测序结果和HIV分型参考株序列进行多序列比对和分析;使用MEGA4.0软件进行系统进化分析,用Distance程序测定毒株间序列离散率.HIV分型参考株序列来自于美国洛斯阿拉莫斯国家实验室HIV核酸序列库.根据在线比对结果与所构建的系统进化树来综合判定序列所属HIV基因亚型。