Mapping a new set of gene-based markers to identify candidate genes controlling useful traits in T. cacao

L'identification des genes candidats (CG) responsables des variations des caracteristiques figure parmi les principaux objectifs des etudes genetiques moleculaires actuelles. Elle permettra une meilleure comprehension du controle genetique des caracteristiques utiles importantes du cacao, et fournira des outils moleculaires pour ameliorer l'efficacite de la selection assistee par marqueurs (MAS). Une importante etape vers la validation des CG consiste a identifier des colocalisations entre des QTL et des genes candidats. Dans ce but, la cartographie d'un vaste ensemble de CG a ete entreprise a partir des SSR et des SNP detectes dans les genes candidats. Une grande collection de sequences EST (etiquette de sequence exprimee) a ete recemment produite apres le sequencage de plusieurs bibliotheques d'ADNc construites au CIRAD dans le cadre d'un projet international. Des SSR ont ete isoles dans un ensemble de 314 genes de cacaoyer homologues a des genes avec une fonction connue ou putative identifiee chez d'autres especes. Ces EST-SSR ont ete analyses pour leur capacite a reveler un polymorphisme entre les parents de la carte du cacao de reference UPA402 x UF676. Un ensemble de 174 EST-SSR polymorphiques correspondant a une vaste gamme de classes de genes definies par le projet Gene Ontology ont ete identifies. Parmi eux, 115 loci EST-SSR ont ete cartographies sur la carte de reference avec le logiciel JoinMap 4.0. Cette nouvelle carte de reference contient 388 marqueurs SSR facilement transferables entre les differentes populations de cartographie. Les SNP detectes chez des genes candidats supplementaires, potentiellement impliques dans des variations de caracteristiques utiles ont ete cartographies en HRM (fusion haute resolution) et leur position a ete comparee avec des positions de QTL. Ce nouvel ensemble de genes candidats cartographies sera utile pour toutes les analyses genetiques telles que la caracterisation moleculaire, la cartographie, la detection des QTL, le desequilibre de liaison et les analyse de cartographie d'association, et faciliteront la selection assistee par marqueurs chez T. cacao. (Resume d'auteur)