A new international cocoa genetic database

Le CIRAD (Centre de Cooperation Internationale en Recherche Agronomique pour le Developpement, France), la University of Reading (School of Plants Sciences, R-U) et le USDA (United States Department of Agriculture, USA) ont mis en place un projet commun de developpement d'une nouvelle banque de donnees moleculaires, genomiques et phenotypiques. Cette banque de donnees combinera des informations genetiques moleculaires enregistrees dans la TropgeneDB (une banque de donnees moleculaires developpee par le CIRAD) et des donnees phenotypiques incluses dans l'ICGD (Banque internationale de donnees sur le materiel genetique du cacao developpee par l'universite de Reading). La TropgeneDB est organisee par type de culture et comporte actuellement trois modules (cacaoyer, canne a sucre et bananier). Les donnees les plus communes enregistrees dans la TropgeneDB sont: des cartes genetiques et physiques, des marqueurs, QTL (Quantitative Trait Loci), des sequences de donnees et des donnees moleculaires sur les ressources genetiques. Actuellement, le module du cacao comporte environ 500 clones avec leurs genotypes et divers marqueurs (RFLP, AFLP, microsatellites, isozymes, etc.), des cartes genetiques et des informations sur les marqueurs. L'ICGD fournit des informations phenotypiques sur le materiel genetique du cacaoyer. Elle heberge une collection d'environ 13800 entrees differentes avec des informations detaillees sur les origines genetiques et geographiques, l'histoire de la constitution de la collection, la morphologie, les ravageurs, les maladies, les reactions aux conditions difficiles, les caracteres de qualite et agronomiques ainsi que des donnees anatomiques. Toutes ces donnees seront incorporees dans la nouvelle banque de donnees sur le materiel genetique du cacaoyer. Des informations phenotypiques continueront d'etre soumises a l'ICGD par les utilisateurs et des donnees genetiques moleculaires a la TropgeneDB. Des donnees nouvelles et actualisees seront regulierement transferees dans la base de donnees commune sur le materiel genetique du cacao. La base de donnees commune fonctionne avec le ACEDB (http://www.acedb.org/), un systeme qui permet d'enregistrer et de recuperer des informations biologiques complexes. Le ACEDB offre une vue intuitive orientee objet sur les donnees biologiques ainsi qu'une interface graphique utilisateur dotee de nombreux outils de visualisation des donnees (visionneuse de cartes genetiques, affichage des sequences etc.). La base commune de donnees sur le cacaoyer sera accessible par Internet. Une interface conviviale et intuitive permettra de poser des questions complexes combinant des informations genetiques et phenotypiques. Par exemple: "Quels sont les clones resistants a Phytophthora qui ont des alleles specifiques a plusieurs loci ?" ou "Est-ce que deux clones sont identiques dans l'eventail complet de leur donnees phenotypiques et genetiques ?" Un code de couleurs permettra de reconnaitre clairement la source de l'information: une couleur particuliere pour les donnees de l'ICGD et une autre couleur pour la banque TropgeneDB. Cette nouvelle base de donnees est concue specifiquement pour permettre aux utilisateurs finaux (selectionneurs ou geneticiens moleculaires) d'exploiter au mieux les informations disponibles sur le materiel genetique du cacaoyer. (Resume d'auteur)