Distribution d’Helicobacter pylori : où et comment biopsier pour détecter l’infection et l’antibiorésistance ?

Introduction Helicobacter pylori (H. pylori) est une bacterie a Gram negatif infectant chroniquement la muqueuse gastrique d’environ la moitie de la population humaine dans le monde. Generalement asymptomatique, cette infection est responsable d’une gastrite chronique pouvant evoluer vers un ulcere gastro-duodenal, un adenocarcinome et un lymphome du tissu lymphoide associe a la muqueuse gastrique. L’infection par H. pylori est consideree comme heterogene dans sa distribution dans la muqueuse gastrique avec une predominance antrale. Le but de cette etude etait de determiner la distribution gastrique intra-hote (densite et diversite) et les caracteristiques genomiques (virulome et resistome) de l’infection a H. pylori. Materiels et methodes Les estomacs de trois patients obeses ont ete preleves apres une gastrectomie subtotale, revelant une gastrite chronique asymptomatique associee a H. pylori. La densite de H. pylori a ete determinee en utilisant culture et qPCR sur plusieurs sites gastriques (n = 100 biopsies par patient). La diversite des souches de H. pylori a ete detectee par culture (test de sensibilite aux antibiotiques), biologie moleculaire (PCR, recherche du gene de virulence cagA) et sequencage a haut debit (NGS, NextSeq550). Resultats H. pylori a ete detecte dans presque tous les sites analyses (354/365 biopsies ; 97 %, les biopsies negatives etant aleatoirement reparties). Par methode conventionnelle (PCR/culture), deux patients presentaient des prelevements positifs pour H. pylori resistant a la clarithromycine et un pour un isolat resistant au metronidazole. Une repartition heterogene en proportion de sous-population resistante est retrouvee par NGS. De meme, une souche positive cagA a ete trouvee chez deux patients (dont un infecte a la fois par des souches positives et des souches negatives). Conclusion Il est demontre que l’infection par H. pylori se distribue a toute la surface de l’estomac avec une sous-population tres faible de clones resistants aux antibiotiques, indetectable dans la pratique courante. Il peut donc etre justifie d’utiliser des technologies de NGS en routine pour l’adaptation therapeutique en cas de situation clinique particulieres.