NK/T细胞淋巴瘤基因组中EBV DNA整合检测及分析

目的明确NK/T细胞淋巴瘤（NK/T cell lymphoma，NKTCL）基因组中是否存在EB病毒（Epstein-Barr virus，EBV）DNA整合，初步分析NKTCL细胞系基因组中EBV DNA整合信息。 方法利用PCR法扩增EBV DNA和原位杂交法检测EBER表达，验证由郑州大学第一附属医院生物样本库提供的5例EBV（+）及4例EBV（-）NK/T样本EBV感染情况。测序全基因组DNA样本并进行生物信息学分析。利用全基因组序列比对捕获EBV整合序列；使用Blast比对样本EBV fasta文件与EBV fasta库。采用CREST软件提取softclip reads，过滤paired reads并对过滤后的reads进行染色体分布的统计。使用IGV比对染色体部分区域reads分布情况，采用PCR法扩增EBV DNA高频整合区域并行sanger测序。 结果5例EBV（+）NK/T样本中均检测出EBV DNA和EBER表达，4例EBV（-）NK/T样本则未能检出。样本的测序深度、覆盖深度、覆盖率和比对率均满足后续研究要求。比对结果显示捕获的序列为病毒序列。EBV（+）NKTCL细胞系SNK、YTS和EBV（+）鼻腔NTKCL组织的reads数目最多，且在2号染色体上呈非随机性富集。chr2：30234084-30234483 400 bp区域存在EBV DNA整合，并导致chr2p23.1位点的插入缺失。 结论EBV（+）NKTCL细胞在chr2p23.1位点存在EBV DNA的高频整合，提示可能影响相关基因表达。