水稻穗长基因 qPL9 的精细定位及其候选基因分析

目的本研究旨在发掘水稻产量相关基因，为水稻产量性状改良提供新的种质资源，为水稻穗发育遗传研究提供分子证据。 方法利用表型差异明显的粳稻‘茭白稻’和籼稻‘Saber’构建F 2 群体，对其株高及穗部性状进行QTL检测。根据F 2 结果，构建F 2：3 分离群体，对效应值较高的穗长QTL qPL9 进行验证、精细定位和候选基因预测，并对候选基因进行克隆、测序和序列比对分析。 结果在F 2 群体中检测到株高、穗长、每穗颖花数、二次枝梗数、粒长和粒宽共6个性状的16个QTL。其中效应最高的 qPL9 解释了32.8%的穗长变异，位于SSR标记RM1189和L171之间，LOD值为8.27。对 qPL9 所在位点进行验证后进行精细定位，最终将其定位在InDel标记L174与L171之间，物理距离为90.47 kb，含有9个开放阅读框（ORF）。分析候选基因序列，发现LOC_Os09g28300、LOC_Os09g28310和LOC_Os09g28320的编码序列在‘茭白稻’和‘Saber’间有差异，且导致氨基酸序列差异。 结论 qPL9 是新位点，其候选基因可能为LOC_Os09g28300、LOC_Os09g28310和LOC_Os09g28320。