Détection de l’évolution convergente à l’échelle génomique : développement de méthodes et étude des adaptations indépendantes à la vie en milieu aride chez les rongeurs

La convergence phenotypique, c’est-a-dire l’acquisition independante de caracteres similaires par des especes differentes, est omnipresente dans la nature et a ete souvent etudiee. Mais ce processus evolutif n’est pas bien compris. Par exemple, de nombreux chercheurs cherchent a comprendre s’il existe des bases genetiques convergentes sous-jacentes a ces convergences phenotypiques.Quelques substitutions convergentes correlees a un phenotype convergent ont ete decrites dans la litterature, mais il existe peu d’etudes a l’echelle genomique. Ceci peut s’expliquer par deux problemes methodologiques : 1/ D’une part, la difficulte de creer des jeux de donnees multi-especes pour des analyses comparatives. 2/ D’autre part, le manque de methodes dediees a la detection de la convergence a l’echelle genomique.Au cours de ma these, j’ai propose des solutions a ces deux defis. Dans un premier temps, j’ai cree un programme (CAARS) permettant d’automatiser l’assemblage de jeux de donnees composes de familles d’orthologues a partir de donnees RNA-Seq. Puis, j’ai cree un outil (PCOC) pour etudier les substitutions convergentes au sein de sequences codantes, base sur l’identification de changements de profils d’acides amines. Ces outils ont ete developpes dans un souci de reproductibilite et de facilite d’utilisation. J’ai ensuite etudie la capacite de differentes methodes, dont PCOC, a detecter des substitutions convergentes en presence de facteurs confondants. Enfin, j’ai applique ces methodes a un cas biologique ou j’ai cherche a caracteriser les bases genomiques de l’adaptation aux milieux arides chez les rongeurs.