Análise integrada de miRNAs e mRNAs associados a cromossomos B no ciclídeo Astatotilapia latifasciata

OOs cromossomos supernumerarios B sao encontrados em uma variedade de organismos eucariotos e nao seguem os padroes de segregacao da heranca mendeliana. No ciclideo Astatotilapia latifasciata esse cromossomo esta presente em ambos os sexos. No entanto, pouco se sabe sobre a funcao e comportamento desse elemento. Este trabalho teve como objetivo compreender a relacao entre transcritos de mRNA e miRNA em gonadas de A. latifasciata , que possam estar ligadas ao fator sexo e presenca do cromossomo B. Para construcao do micRNoma de gonadas B+ e B- foram utilizadas bibliotecas de sequenciamento next-generation Illumina – HiSeq do Laboratorio Genomica Integrativa (UNESP). As bibliotecas foram submetidas ao processo de filtro pelo software FASTX Toolkit 0.0.13. A identificacao e analise de expressao dos microRNAs com base no genoma de A. latifasciata foi realizada atraves do programa miARma v1.5. Com a finalidade de prospectar 3’UTR dos possiveis targets submeteu-se o genoma e transcriptoma de A. latifasciata ao treinamento de maquina utilizando Augustus v3.1.0. A predicao de interacao 3’UTR:miRNA foi realizada por 3 softwares. Os melhores resultados foram selecionados (energia livre menor que -16 kcal/mol para miRanda v3.3a e FindTar3, e context-score maior que -0,2 para TargetScan 6.0), totalizando 2.048 predicoes. Como filtro para a selecao das interacoes relacionadas ao cromossomo B e sexo foi prospectado os targets que interagiram com miRNAs diferencialmente expressos em ambos os sexos B+ e B- (pvalue =< 0,05 e FDR =< 0,05). O resultado final mostrou uma lista que engloba 18 interacoes reportadas no banco de dados do TargetScanFish 6.2 envolvendo 9 genes e 5 miRNAs diferencialmente expressos. Alem de funcoes relacionadas a ciclo celular e replicacao do DNA (genes alvos fbxo33 e anxa11) foram encontrados nessa lista final genes envolvidos com organizacao e motilidade de microtubulos (dnah5 e reep1). A interacao dnah5:miR-460 ocorreu em femeas e machos B+. MiR-214 esteve diferencialmente expresso em femeas B+ e reportou como alvo o gene reep1. Os resultados contribuem para a investigacao funcional do cromossomo B, pois, ha processos celulares diferencialmente regulados em individuos B+, que estao sob controle de miRNAs.