Enrichissement de la base de données spectrale peakforest en LC-MS

L’analyse metabolomique non ciblee est une approche puissante permettant la caracterisation du phenotype metabolique lie aux developpements de maladies chroniques. L’identification des biomarqueurs qui y sont associes est devenue un enjeu majeur pour ce type d’approche. Il existe aujourd’hui un tres large panel de banques de donnees en metabolomique, pouvant aider lors de cette etape d’identification, telles que MassBank, HMDB ou Lipidmaps, mais ces bases n’integrent pas de donnees chromatographiques alors que le temps de retention peut etre un parametre contribuant largement dans l’identification de molecules (Sumner et al, 2014). La base de donnees PeakForest est une banque de donnees de spectres de reference dediee a l’annotation des donnees metabolomiques. Plus de 1000 composes standards (metabolites endogenes deja decrits dans les biofluides) ont ete analyses en LC-HRMS (Orbitrap, QTof) et selon des methodes chromatographiques complementaires au sein des quatre plateformes du consortium MetaboHUB. L’implementation de PeakForest est realise via des fichiers ‘template’ qui integrent les metadata et les peaklists annotees. L’originalite de cette base est qu’elle integre egalement les conditions chromatographiques ainsi que les temps de retention de chaque molecule, ce qui permet d’integrer ce parametre dans les requetes. L’objectif sera de pouvoir utiliser cette ressource pour une annotation automatique des jeux de donnees. C’est pourquoi la base de donnees PeakForest est utilisable via des outils Galaxy, bientot integres au sein de la plate-forme web Galaxy W4M (Workflow4Metabolomics ; Giacomoni et al, 2015). Une preuve de concept de l’utilisation de cet outil a ete realisee pour l’annotation d’un echantillon de plasma de reference du NIST. Au total plus de 70 metabolites ont ete confirmes avec un score egal a 5 (Sumner et al, 2014). Ces resultats pourront a terme etre integres au sein de PeakForest apres curation effectuee par des experts dans le but de valider les resultats. Des donnees MS/MS viendront egalement complementer la base. Cet outil dedie a l’annotation de metabolites en haut debit contribuera donc a terme a enrichir la caracterisation des metabolomes de differents systemes biologiques