大薯 ERF 基因家族的挖掘与特征

大薯属于薯蓣科薯蓣属，是热带和亚热带地区的一种重要的粮食作物，但其基础研究还较为薄弱。本研究基于公布的大薯转录谱序列和基因组序列，开展了对大薯 ERF 家族基因的挖掘和特征分析。共找到 DaERF 基因 41 个，其中 14 个 DaERF 有一个以上的外显子，其余的均为一个外显子。进一步的 blastx 分析发现 30 个 DaERF 基因具有保守的 AP2 结构域，依据 AP2 序列构建系统进化树，可将其分成 5 个亚家族。通过对 AP2 结构域的两个保守 motif 的位置和结合位点的分析，发现相同家族的 ERF 蛋白具有相似的结构特征。根据大薯转录谱分析 DaERF 在不同组织中的表达，发现一些 DaERF 的表达具有组织特异性，并且属于同一亚家族基因的表达具有相似性。我们对在块茎中具有高表达的 DaERF- DaERF24 基因，使用 RT-PCR 验证其在不同组织的表达，结果与转录谱数据一致。本研究通过对大薯 ERF 转录因子家族特性的初步挖掘，为以后研究 ERF 家族全基因分布、 ERF 基因功能验证和薯块生长发育机理提供依据。