DLO Hi-C染色体构象捕获技术

基因组三维结构在DNA复制、DNA损伤修复、基因转录调控中扮演着重要的角色。Hi-C是目前研究基因组三维结构的主要手段之一，但是存在背景噪音大、试验成本高、试验流程繁琐，缺乏对随机连接噪音的评价等缺陷，因而限制了三维基因组学的发展。为此，我们开发了一种简单经济的染色体构象捕获技术，即DLO Hi-C（digestion-ligation-only Hi-C）。该技术去掉了生物素标记的步骤，只需要2轮简单的酶切酶连反应即可构建高质量的DLO Hi-C测序文库。为了评价文库中的随机连接噪音的比例，我们在文库构建步骤中加入了噪音评价的步骤。研究结果显示，与当前的in situ Hi-C等方法比较，我们的DLO Hi-C试验时间短、试验成本低、测序成本低，有更多的有效交互数据。将DLO Hi-C应用于肿瘤细胞系，我们找到了已知和新的基因组结构变异。所以，我们希望DLO Hi-C技术将对研究染色体的三维构象、基因的转录调控及基因组的组装有重要的促进作用。