Analyse intégrative des ARN longs non-codants chez le chien et leurs implications dans le mélanome oral canin, modèle des mélanomes humains

Les ARN longs non-codants (lncRNAs) constituent une famille d'ARN heterogenes qui jouent un role majeur dans de nombreux cancers et notamment dans les melanomes. Le chien est un modele naturel et spontane pour l’analyse genetique comparee des cancers et, l'annotation du genome canin a recemment ete enrichie avec l'identification de plus 10 000 lncRNAs. Afin de realiser des predictions fonctionnelles bioinformatiques des lncRNAs, nous avons caracterise les profils d'expression des lncRNAs canins a partir de 26 tissus distincts. Nous avons defini la specificite tissulaire de l’expression des lncRNAs et infere leur fonctionnalite potentielle par des analyses de genomique et de transcriptomique comparatives avec des donnees humaines issues du projet ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements). Comme chez l'homme et la souris, une grande proportion de lncRNAs canins (44 %) est exprimee de maniere specifique au sein d’un tissu. Par une approche de genomique comparative, nous avons identifie plus de 900 lncRNAs orthologues entre l’homme et le chien et pour 26 % d’entre eux, des patrons d'expression entre tissus significativement conserves (p < 0,05). Dans le cadre de l'etude des melanomes canins, nous avons analyse les donnees de RNA-seq de 52 echantillons tumeurs/controles de melanomes oraux. Nous avons identifie plus de 750 lncRNAs differentiellement exprimes entre la tumeur et le controle (FDR < 0,01), dont plus de 100 conserves avec l’homme. Ces lncRNAs constituent de bons candidats pour etudier la regulation de la progression tumorale des melanomes chez le chien et pourront etre evalues pour leurs potentiels diagnostic et therapeutique en medecine humaine et veterinaire.