Análise do sequenciamento em larga escala na caracterização e localização in situ de elementos repetitivos no genoma de Apareiodon sp. (Characiformes: Parodontidae)

A familia Parodontidae agrupa especies sem sistemas de cromossomos sexuais heteromorficos e especies com heterogametia feminina. Na diversificacao dos sistemas de cromossomos sexuais ocorrem acumulos de sequencias de repeticao in tandem e elementos transponiveis. Este estudo tem como objetivo integrar dados genomicos de elementos repetitivos comparando genomas macho e femea de Apareiodon sp. bem como seu mapeamento fisico nos cariotipos. Nesta analise foram utilizados dois software: o RepeatExplorer que busca repetitivos, utilizando algoritmo de clusterizacao de sequencias ( reads ) baseados em grafos, fazendo um comparativo de macho e femea e o RepeatMasker para anotacao de elementos repetitivos em genomas montados de um macho e de uma femea de Apareiodon sp. Para a analise pelo RepeatExplorer uma amostra de 2.200.000 reads para cada sexo foi obtida, sendo que o resultado gerou 64 clusters dos quais 4 apresentaram diferencas significativas no numero de reads de DNAs repetitivos agrupados entre macho e femea, sendo os clusters 09, 33, 45 e 60. As sequencias destes 4 clusters foram submetidas ao CENSOR no web server http://www.girinst.org, para a busca de similaridade aos DNAs repetitivos neste banco de dados. Os DNA repetitivos com maior frequencia no cluster 09 foram: DNA Transposon MuDR-7, DNA Satellite Sat-9 e DNA Transposon Kolobok-2. No cluster 33 foram o DNA transposon EnSpm/CACTA, retrotransposon Copia-4 e Penelope-1, e DNA transposon Harbinger. Ja no Cluster 45 foram encontrados o nao autonomo Rep-6 e o Retrotransposon Gypsy-19-I e no Cluster 60 o DNA transposon EnSpm-16/CACTA e Retrotransposon Gypsy-3. As sequencias destes elementos repetitivos mais representativos nos genomas foram recuperadas para desenho de primers a partir do software primer3plus e, posterior construcao de sondas para uso na hibridacao in situ fluorescente (FISH). Os dados do RepeatMasker estao em analise para que juntamente com os dados do RepeatExplorer e da FISH seja obtida as diferencas quantitativas dos elementos repetitivos nos genomas macho e femea. Os resultados preliminares foram promissores para a caracterizacao dos elementos repetitivos no genoma de Apareiodon sp. Nesse contexto, com estes dados somados a localizacao cromossomica pretende-se compreender a diversificacao cariotipica e dos cromossomos sexuais em Parodontidae.