بررسی آلودگی ارقام مختلف نیشکر به ویروس موزاییک نیشکر (SCMV) در استان خوزستان

ویروس موزاییک نیشکر (SCMV) یکی از بیماری‌های مهم گیاه نیشکر است. در این پژوهش غربال‌گری بیماری ویروس موزاییک نیشکر در ارقام وارداتی و نمونه‌های موجود در داخل با روش‌های مولکولی مبتنی بر اسید نوکلئیک انجام شد. در سال زراعی 94-1393، نمونه‌های دارای علائم بیماری از 90 رقم مختلف مربوط به شش کشتخوان نیشکر جمع‌آوری و بخش‌هایی از پهنک آن‌ها جداسازی شدند. نمونه‌ها در شرایط سرمای خشک- انجمادی و در ازت مایع پودر شدند. آغازگر مناسب جهت تکثیر حدود 1040 جفت باز از ناحیۀ پروتئین پوششی و پروتئین NIb طراحی و با استفاده از روش RT-PCR تکثیرشد. از بین 90 نمونۀ موردبررسی، 10 نمونۀ نیشکر با تولید قطعات تکثیری موردانتظار آلوده به ویروس موزاییک نیشکر بودند. این نمونه‌ها مربوط به ارقام IRC99-06، V58-4 و Q58 از موسسۀ تحقیقات و آموزش توسعۀ جانبی نیشکر خوزستان، IRC99-09، IRC00-21 و 4380-3 از کشت و صنعت سلمان فارسی، CP80-1557 و V68-74 از کشت و صنعت امام خمینی و دو رقم نامشخص بودند. چهار نمونه از قطعات تکثیری به‌صورت دو جهته و مستقیم توالی‌یابی و در بانک ژن ذخیره شدند. جستجوی بلاست توالی‌های مربوط به چهار جدایۀ ردیابی‏شدۀ Kh40، Kh41، Kh44 و Kh28 نشان داد که این جدایه‌ها دارای بیشترین شباهت به جدایه‏های ایرانی و آرژانتینی هستند. درخت فیلوژنتیکی ترسیمی با استفاده از الگوریتم درست‌نمائی بیشینهنشان داد که جدایه‌های ایران احتمالا از جمعیت‌های آرژانتین و چین منشأ گرفته‌اند.