Identification of optimal regions for phylogenetic studies on VP1 gene of foot-and-mouth disease virus: analysis of types A and O Argentinean viruses.

Identification des regions optimales pour les etudes phylogenetiques du gene VP1 du virus de la fievre aphteuse: analyse des virus argentins de types A et O. Une analyse du contenu informatif de parties de sequences du gene VP1 du virus de la fievre aphteuse (VFA) a ete appliquee a deux serotypes viraux importants: A et O. Plusieurs regions de sequences ont ete identifiees afin de permettre la reconstruction d'arbres phylogenetiques equivalents a ceux obtenus a partir de gene VP1 entier. Les regions informatives optimales pour des fenetres de sequences de 150 a 250 nt ont ete supposees etre comprises entre les positions 250 et 550 du gene. Les sequences recouvrant les 250 nt de l'extremite 3' (positions 400 a 650), qui ont ete largement utilisees pour les etudes phylogenetiques du VFA, avaient un contenu moins informatif. Malgre cela, l'utilisation de sequences de cette region a permis d'obtenir des arbres phylogenetiques pour les VFA de type A et O, qui ont montre des topologies similaires a celles precedemment decrites pour le gene VP1 entier. Quand les sequences determinees pour les virus isoles en Argentine entre 1990 et 1993 ont ete incluses dans ces analyses, les resultats obtenus ont revele des caracteristiques de circulation des virus de type A et O sur le terrain, dans les mois qui ont precede l'eradication de la maladie dans ce pays. Les virus de type A etaient etroitement apparentes a une souche argentine de vaccin et definissaient un groupe independant a l'interieur de ce serotype. Parmi les virus de type O analyses, nous avons pu distinguer deux groupes: l'un etait etroitement apparente aux souches vaccinales sud-americaines, l'autre etait proche des virus du sous-type 03. Une phylogenie detaillee du VFA type A est egalement presentee.