Apport des PCR ciblées et de la métagénomique 16S pour la détection des streptocoques béta-hémolytiques dans les dermohypodermites bactériennes nécrosantes-fasciites nécrosantes

Introduction Les streptocoques beta-hemolytiques (SBH) representent 30 a 40 % des bacteries responsables de dermohypodermites bacteriennes necrosantes – fasciites necrosantes (DHBN-FN). Il s’agit principalement de Streptococcus pyogenes, SBH du groupe A (SGA) mais aussi de Streptococcus agalactiae, SBH du groupe B (SGB) et de Streptococcus dysgalactiae spp. equisimilis, SBH du groupe C ou G (SDSE). Dans 20 a 30 % des cas, les DHBN-FN sont monomicrobiennes a SBH. Etant donne la forte sensibilite des SBH aux antibiotiques (ATB) et la frequente administration d’ATB preoperatoires, les cultures des prelevements per-operatoires (PPO) sont negatives dans 10 % a 20 % des cas. Les objectifs de cette etude etaient d’analyser la superiorite de la PCR ciblee pour SGA, SGB et SDSE versus la culture et d’etudier par metagenomique (MG) 16S le caractere mono ou polymicrobien des DHBN-FN positives a SBH en culture. Materiel et methodes Il s’agissait d’une etude monocentrique retrospective incluant tous les cas de DHBN-FN pris en charge dans notre filiere de soins « Fasciites » entre janvier 2016 et juin 2018 dont les PPO avaient ete conserves a −80 °C (Comite d’Evaluation Ethique 2016/40NICB). Une culture sur milieux ordinaires, enrichis et selectifs, une qPCR ciblant SGA, SGB et SDSE et une analyse MG 16S ont ete realisees sur chaque echantillon. Resultats Au total, 94 patients hospitalises pour DHBN-FN ont ete inclus. Parmi ces patients, 31 (33 %) avaient un PPO positif a SBH en culture (20 a SGA, 7 a SGB et 4 a SDSE) et 39 (41 %) par PCR (27 SGA, 6 SGB et 6 SDSE) dont 30 concordants. Sur les 9 prelevements positifs en PCR et negatifs en culture, 7 avaient une PCR positive a SGA et 2 a SDSE ( Fig. 1 et 2 ). En culture, 15 patients avaient une culture monomicrobienne a SBH (10 a SGA, 2 a SGB et 3 a SDSE) et 14 de ces 15 patients avaient un echantillon monomicrobien a Streptococcus sp. en MG. Pour le 15e patient, la MG n’avait pas fonctionne. Discussion Le taux de positivite pour la detection de SBH etait plus eleve pour la PCR (41 %) que pour la culture (33 %) notamment pour le SGA. Toutes les DHBN-FN monomicrobiennes a SBH en culture l’etaient aussi en MG. Conclusion La PCR ciblee semble superieure a la culture pour identifier les SBH. L’utilisation d’une double approche par culture (sensibilite) et PCR (exhaustivite) a permis d’obtenir plus souvent un diagnostic microbiologique. Le caractere monomicrobien des DHBN-FN a SBH a ete confirme par MG, ce qui permettrait a l’avenir de retroceder l‘ATB large spectre souvent utilisee. Etant donne la gravite des DHBN-FN et la necessite d’une antibioprophylaxie pour les contacts d’un patient avec une infection invasive a SGA, une detection systematique des trois SBH les plus frequents dans les DHBN-FN par PCR ciblee pourrait etre proposee. Dans ce contexte, la MG n’apporte pas de donnees complementaires.