Redéfinition des allèles de référence des gènes de groupes sanguins par séquençage de longs fragments: exemple du gène ACKR1

Dans les bases de donnees, les sequences de reference des genes impliques dans l’expression des antigenes erythrocytaires sont souvent erronees. Du design des tests jusqu’a l’interpretation des variants rares, ces erreurs peuvent avoir des consequences en diagnostic. Recemment, une approche par PCR « long-range » couplee au sequencage de nouvelle generation de fragments courts a ete utilisee pour redefinir la sequence de reference du gene RHD (systeme Rh) chez des individus hemizygotes (une copie de RHD). Dans un genome « normal », deux copies des autres genes sont generalement presentes et cette derniere approche est donc irrealisable en raison des difficultes de phasage liees a la distance entre les marqueurs heterozygotes. Pour contourner cette limite, nous avons utilise une technologie de sequencage de longs fragments et teste notre approche sur le gene ACKR1 (2,5 kb; systeme Duffy). Le locus ACKR1 de 65 echantillons de genotype connu, soit 130 alleles, a ete amplifie par PCR « long-range ». Apres multiplexage des amplicons et sequencage (Sequel, PacBio), les sequences des trois alleles majoritaires ACKR1*01, *02 et *02 N.01 ont ete obtenues. De maniere importante, les deux premiers alleles sont caracterises par des combinaisons variables de marqueurs polymorphes dans les regions non-codantes dont il convient de tenir compte pour l’elaboration d’outils diagnostiques. Parallelement a ce travail, d’autres experiences ont ete menees avec succes sur les genes KEL (21,3 kb), ART4 (18,0 kb) et SLC14A1 (28,3 kb) (systemes Kell, Dombrock et Kidd, respectivement), suggerant que notre strategie est particulierement adaptee pour redefinir les sequences cibles a haute resolution.