Filogenija koljena Porifera

U znanosti postoji težnja za rjesavanjem evolucijske povijesti taksonomskih skupina živih (i poznatih izumrlih) organizama. Ovim se kompleksnim zadatkom bavi filogenija. Koljeno Porifera - spužve - pokazalo se kao iznimno zanimljiva skupina cija filogenija nije potpuno ustanovljena niti nakon vise od stotinu godina istraživanja i unatoc razvitku novih metoda istraživanja. Povijesno gledajuci, morfologija spikula te cjelokupnog skeleta imala je važnu ulogu u postavljanju prvotne sistematike spužvi, a njen se znacaj ne smije zanemariti ni danas. Uspostavljanje filogenije iskljucivo pomocu morfologije nije bilo moguce. Nesto kasnije, citologija je donijela novitete u pristupu i jasne odgovore kod razlucivanja pojedinih porodica. Također je vrlo važna metoda kod istraživanja spužvi bez spikula. U pojedinim slucajevima, citologija se pokazala efikasnijom od molekularne filogenetike. Istraživanja sekundarnih metabolita pokazala su se problematicnima zbog brojnosti endosimbionata u spužvi, iako potencijalno nude koristan set informacija za filogeniju. Razvitak metoda molekularne filogenije 1990-ih rezultirao je opsežnom primjenom na spužvama, međutim postoji jos niz nerijesenih pitanja osobito unutar skupine Demospongiae. Ipak, postoje poteskoce u primjeni tih novih metoda kad je potrebno odrediti filogeniju vrsta cija se specijacija odvijala u evolucijski kratkom periodu ili kad je proces odvajanja evolucijski „star“. Problem najcesce proizlazi iz nase nemogucnosti da sa sigurnoscu detektiramo homoplaziju (tj. ortologe) i sekundaran gubitak karakteristika. Dio poteskoca bit ce moguce rijesiti kroz pažljiv odabir veceg broja gena s filogenetski važnom informacijom u ulazni set podataka za formiranje rodoslovnog stabla. Probleme filogenije spužvi stoga nije moguce rijesiti jedinstvenom metodom niti izoliranim setom informacija. Njima treba pristupiti multidisciplinarno uz racionalno koristenje sto veceg broja dostupnih metoda/informacija.