BRCA1 ve BRCA2 Mutasyonlarının Tespitine Yönelik Yeni Nesil Dizileme Temelli Kit Geliştirilmesi ve Rutinde Kullanılan Yöntemler ile Valide Edilmesi

Amac: Meme kanseri, kadinlarda en yaygin gorulen kanser turu olup, Gogus Kanseri Duyarlilik gen (BRCA1 ve BRCA2) mutasyonlarinin meme ve yumurtalik kanserlerinin onemli bir kismindan sorumlu oldugu bilinmektedir. Bu genlerden birinde mutasyon tasiyan bireylerde yasam boyu meme, yumurtalik, pankreas ve diger kanserlere yakalanma riski oldukca yukselmektedir. BRCA1/2 gen mutasyonlarina sahip olan kisilerin belirlenmesi, genetik danisma ile tarama sikliginin artirilmasi ve potansiyel olarak hayat kurtaran onleyici tedavi stratejilerinin uygulanabilmesi icin buyuk onem tasimaktadir. Bu calismada gercek zamanli polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PZR) yontemi kullanilarak BRCA1/2 genlerinin yeni nesil dizi (NGS) analizi kutuphanelerinin hazirlanmasi ve NGS analizlerine uygun biyoinformatik is akisinin belirlenmesi amaclanmistir. Yontem: Rutin analizlerde yaygin olarak kullanilan Multiplicom BRCA MASTR™ Dx Kiti ile calisilmis hastalardan alinan kan orneklerinden, DNA izolasyonu sonrasi RT-PZR ile NGS kutuphanelerinin hazirlanmasi ve her bir ornegin 2 farkli etiket dizi ile isaretlenmesinin ardindan NGS analizlerinin biyoinformatik is akislarinin belirlenmesi gerceklestirilmistir. Bulgular: Referans metoda gore test limitleri; %100 duyarlilik, %100 ozgulluk ve %100 dogruluk olarak belirlenmistir. Wilson yontemi kullanilarak testin guven araligi CI: %86-%100 olarak hesaplanmistir. Sonuc: BRCA1 ve BRCA2 genlerinin klinik laboratuvarlar degerlendirmesine uygun verilerin elde edildigi, patojenik mutasyon tespitini yuksek verimlilik ve dogrulukla yapabilen uygun maliyetli bir NGS testinin gelistirilmesi ve analitik dogrulamasi bu calisma ile tamamlanmistir.