Theoretical studies of plant-based peptides targeting human angiotensin converting enzyme-related carboxypeptidase

خلفية إن قابلية تعرض الرئتين والأمعاء والقلب والكلى لغزو SARS-CoV-2 تعتمد على التعبير العالي عن إنزيم carboxypeptidase المحول للأنجيوتنسين (ACE2) على السطح الخارجي للخلايا في هذه الأعضاء. يؤكد هذا الوضع الواضح للتفاعل بين بروتينات ارتفاع SARS-CoV-2 و ACE2 على أهمية مستقبلات ACE2 في انتشار فيروسات كورونا. بحثت هذه الدراسة في إمكانات الارتباط لبعض الببتيدات النباتية المختارة (Circulin A ، kalata B1 ، Varv peptide E ، Palicourein ، Vhl-1 ، griffithsin ، cycloviolacin VY1) إلى ACE2 كنهج تنبؤي في منع غزو SARS-CoV-2. أساليب تم استرداد الببتيدات من قاعدة بيانات الببتيد المضاد للميكروبات وتم التنبؤ بخصائصها الفيزيائية والكيميائية باستخدام أداة ProtParam. تم حساب وضع الربط والطاقات الحرة الملزمة من خلال خوادم HawkDock بينما تم تقييم المرونة الهيكلية واستقرار مجمعات ACE2-peptide عبر خادم CABS-flex 2.0. نتائج لوحظ أن درجات الربط للببتيدات تجاه ACE2 أظهرت ارتباطات ارتباط جيدة مع griffithsin الذي حصل على أفضل درجة ربط من خلال رتبة Hawkdock بينما حصلت kalata B1 على أقل درجة ربط. أظهر تحليل الميكانيكا الجزيئية / منطقة سطح الولادة المعممة أن الطاقة الحرة الملزمة تتراوح -39.99 و -3.96 كيلو كالوري / مول مع Vhl-1 الذي يحتوي على أعلى طاقة حرة و palicourein الذي يحتوي على أقل طاقة حرة الاستنتاجات تشير نتائج الدراسة إلى أن الببتيدات النباتية المختارة وخاصة kalata B1 و vhl-1 و cycloviolacin VY1 يمكن أن تكون معدلات واعدة لـ ACE2 وتمنع ارتباط المجال S1 لبروتين SARS-CoV-2 S وما يترتب على ذلك من خلايا خلوية. دخول SARS-CoV-2.