Développement d'outils microbiologiques et chimiques permettant d'identifier l'origine des pollutions fécales dans les eaux de baignades

La pollution organique issue des effluents d'elevage et des stations d'epuration urbaines conduit a un probleme essentiel de sante publique lie a la contamination des eaux de surface ou s'exercent des activites sensibles telles que la baignade. S'il est possible de determiner les pollutions localisees liees a un dysfonctionnement des systemes de traitement, il est beaucoup plus difficile d'identifier les pollutions organiques diffuses qui participent pourtant majoritairement a la degradation de la qualite des eaux de surface. La problematique des pollutions diffuses est d'autant plus importante que la nouvelle reglementation europeenne concernant les eaux de baignade (Directive 2006/7/CE) demande de constituer des profils de baignade qui necessitent une identification et une hierarchisation des sources de pollutions fecales. Le denombrement de Escherichia coli et des enterocoques intestinaux stipule par les textes reglementaires europeens, represente actuellement le seul outil analytique permettant la mise en evidence d'une contamination fecale du milieu aquatique, sans toutefois differencier l'origine humaine ou animale de cette contamination. Il est donc necessaire de developper de nouvelles methodes de detection de la pollution fecale qui puissent non seulement mettre en evidence une contamination mais aussi en indiquer l'origine. C'est d'ailleurs dans cet objectif que s'est developpe depuis quelques annees, le concept de "Microbial Source Tracking" ("Traceurs de Sources Microbiennes") qui consiste a identifier a l'aide de marqueurs microbiologiques ou chimiques les sources de pollutions fecales. Dans ce contexte, six laboratoires de recherche se sont associes pour developper des techniques de tracage des contaminations fecales afin de proposer un outil operationnel utilisable pour differencier les sources de pollution, de leur point d'emission jusqu'au milieu recepteur final que constituent les eaux de surface. Les marqueurs qui ont fait l'objet de cette etude sont des molecules chimiques naturelles (steroides, cafeine), des molecules de synthese retrouvees dans les effluents de stations d'epuration ou des rapports de fluorescence de la matiere organique ainsi que des micro-organismes (bacteriophages, bacteries). A la suite des developpements methodologiques, plusieurs marqueurs ont ete selectionnes : - bacteries appartenant aux groupes bacteriens dominants du tractus intestinal humain (Bifidobacterium adolescentis) et porcin (Lactobacillus amylovorus) ; - Bacteroidales specifiques des humains, porcins et bovins (HF183, Pig-2-Bac, Rum-2-Bac); - genogroupes humains des bacteriophages F ARN specifiques; - rapports de steroides : coprostanol/(24ethylcoprostanol+coprostanol) (R1) et sitostanol/coprostanol (R2); - cafeine, benzophenone et tri(2-chloroethyl)phosphate (TCEP).