Histoire naturelle d'un virus zoonotique en mode insulaire : cas de la propagation du virus grippal pandémique H1N1p 2009 à La Réunion

En mars 2009, un nouveau virus Influenza A a emerge au Mexique et aux Etats-Unis, caracterise par une combinaison de segments genomiques d'origines humaine, porcine et aviaire. La diffusion tres rapide de ce virus au reste du monde a specifie la 1ere pandemie grippale du 21eme siecle. Le 1er cas confirme a La Reunion, chez un voyageur en provenance d'Australie, date du 5 juillet 2009. Des le 21 Juillet 2009, date du premier cas a transmission indigene rapporte par La CIRE-Reunion- Mayotte, le CRVOI et le CIC-EC de La Reunion ont lance une enquete prospective en cohorte populationnelle, le programme CoPanFlu-Run. Son objectif est de decrire l'histoire naturelle de l'infection en population generale ainsi que mesurer les parametres epidemiologiques, virologiques et sociologiques de l'epidemie. L'etude serologique a revele que La Reunion a ete fortement impactee par l'epidemie grippale, surtout chez les enfants d'âge scolaire : pres de 63% des moins de 20 ans ont seroconverti, un peu moins de 40% pour la tranche d'âge 20-59 ans, et 16,7% pour les plus de 60 ans. Compares a l'estimation de la CIRE-Reunion-Mayotte qui annonce un taux d'attaque de 12.5% de formes symptomatiques ayant eu recours aux services sanitaires, ces resultats montrent la grande diffusion de l'epidemie sous forme peu ou pas symptomatique et sa grande benignite a l'echelle communautaire. Notre etude montre par ailleurs que les taux d'anticorps au 1/40 cross reactants avec le virus pandemique presents eventuellement avant le passage epidemique protegent contre la seroconversion. L'etude virologique, a permis de detecter le virus pandemique dans les prelevements nasaux de 71 individus dont la plupart etaient symptomatiques. Elle a en outre mis en evidence l'existence d'une co-circulation d'autres virus respiratoires (essentiellement rhinovirus et coronavirus) en population generale avant, pendant, et apres le passage de la vague epidemique. Le sequencage de 28 souches de virus H1N1p 2009 detectees au sein de notre cohorte reunionnaise, a permis leur analyse phylogenetique. Les souches reunionnaises, bien qu'issues du clade 7 au niveau mondial, dans lequel, on retrouve les souches indiennes, australiennes et japonaises, forment un clade a part entiere. Par ailleurs, il semble que l'origine des souches analysees n'est vraisemblablement pas australienne comme supposee au depart de l'epidemie, et qu'au moins 2 introductions concomitantes se sont produites a La Reunion. La premiere datant du 26 juin 2009, c'est-a-dire, 1 mois avant la datation de la circulation virale active estimee par la CIRE, et la seconde datant du 8 juillet 2009. Finalement, une fois que la vague epidemique en population s'est eteinte en moins de 9 semaines, l'etude du cheptel porcin a montre un passage substantiel chez l'animal qui se maintient jusqu'a ce jour. (Texte integral)